北京
长链非编码RNA（lncRNA）在基因表达调控、微生物代谢与环境适应等过程中扮演着关键角色。传统基于poly(A)富集的建库与测序方案，会直接丢失大量无poly(A)尾的lncRNA，加之短读长测序难以还原完整转录本结构，极大限制了lncRNA异构体的挖掘与功能研究。
中国农科院深圳基因组所刘永鑫团队联合诺唯赞、贝纳基因，在Communications Biology发表NanoncRNA-seq全长测序方案（2026, DOI:10.1038/s424-y），依托ONT R10.4.1平台同步捕获poly(A)⁺和poly(A)⁻RNA，大幅提升新型lncRNA异构体鉴定能力。
同样一份样本，用这套流程能鉴定出260个lncRNA，而传统短读长方案只能检出51个，lncRNA检出量提升5倍。rRNA去除这一步具体怎么操作、需要多长时间、对RNA完整性有没有影响、最终数据能好到什么程度。下面我们就从这几个维度，把整个前处理流程拆解清楚。
NanoncRNA-seq整体技术路线：rRNA去除是决定lncRNA检出率的关键01
研究以酿酒酵母为模型，整套流程为：
总RNA提取rRNA去除（Vazyme #RN415）纳米孔/二代双平台建库测序转录本生信分析
总RNA中rRNA占比超90%，若不去除会挤占测序通量；同时poly(A)富集方案会舍弃poly (A)- lncRNA，因此研究采用酶法探针去除rRNA策略，使用诺唯赞真菌rRNA去除试剂盒（Vazyme#RN415）对真菌rRNA进行去除，这是打通全转录本无偏好捕获的关键一环。流程节点如下图所示：
图1. NanoncRNA-seq实验流程图[1]
经过rRNA去除处理后的RNA样本，分别构建ONT纳米孔全长文库与Illumina短读长文库，借助ONT R10.4.1高准确度读长优势解析全长转录本结构，结合Illumina数据进行校正与表达量验证，形成一套互补性极强的全长lncRNA分析体系。
论文数据显示[1]，该组合方案最终共鉴定出260个lncRNA，远高于单用Illumina测序的51个lncRNA，充分证明前处理与测序方案协同优化的重要性。并且组内表达相关系数≥0.986，批次间数据稳定，足以支撑后续多重复功能验证实验。lncRNA测序中的三大难题02难题1rRNA去除不彻底，有效数据占比低
大量rRNA会稀释低丰度lncRNA信号，导致很多有价值的转录本无法被检测到。在这项研究中，经诺唯赞真菌rRNA去除试剂盒（Vazyme#RN415）进行rRNA去除处理后，RNA残留占比被显著压低，测序资源真正倾斜给了mRNA与各类lncRNA。
图2. 不同平台核糖体残留占比（%）
难题2RNA被打断，全长测序做不了
纳米孔测序依赖完整长RNA模板，常规去rRNA试剂易剪切断裂长片段。本研究中使用的诺唯赞真菌rRNA去除试剂盒（Vazyme#RN415）酶促反应条件柔和，完整保留RNA全长与原有修饰，碱基准确率达99.27%，保障上机测序质量。
图3. 测序读长分布
图4. 有效读段Q值
难题3poly(A)⁻lncRNA被遗漏，研究范围受限
不同于 poly (A) 富集方案会丢失 poly (A)⁻转录本，本研究使用的诺唯赞真菌rRNA去除试剂盒（Vazyme#RN415）依靠探针靶向去除rRNA，对poly(A)⁺、poly(A)⁻转录本无影响，完美匹配NanoncRNA-seq“不分尾型、全转录本捕获”的设计初衷，也是本研究能够挖掘大量全新poly(A)⁻lncRNA的基础。
rRNA去除步骤核心原理深度解析
03
诺唯赞真菌rRNA去除试剂盒（Vazyme#RN415）采用探针杂交+RNaseH定向酶切技术，核心流程分三步，全程操作约1h；起始量为0.01–1μg。
可广泛应用于：
各类真菌（霉菌、平菇、念珠菌）全长转录组测序
微生物poly(A)⁻非编码RNA、环状RNA研究
真菌差异表达基因、可变剪接、转录本异构体分析
纳米孔直接RNA测序、链特异性文库构建等多类建库实验
三步核心反应机制·
图5. 诺唯赞真菌rRNA去除试剂盒（Vazyme#RN415）原理图
表1. 不同前处理方案对比
诺唯赞rRNA去除解决方案
诺唯赞rRNA去除试剂盒覆盖原核生物、真菌、动物、植物等全物种，支持不同物种探针混合使用，一次反应即可同步去除宿主与微生物rRNA，尤其适用于植物‑微生物、动物‑微生物等复杂互作样本，显著提升测序效率和数据质量。
图6. 诺唯赞rRNA去除试剂场景匹配示意
图7. 293T RNA+大肠杆菌RNA探针混用效果展示
图8. 大丽轮枝杆菌RNA+大肠杆菌RNA探针混用效果展示
诺唯赞前处理产品推荐
(诺唯赞 动态宝)
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