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科学家提出了一种全新的肠道“健康指数”，通过测量肠道细菌之间的竞争与合作关系来区分“健康肠道”与“病变肠道”，并追踪疾病进展和评估整体健康状况。
传统肠道微生物菌群研究多数关注“有哪些菌群”，最新研究方向开始则转向“这些菌彼此之间是如何相处?”。
研究结果显示，人类肠道微生物群会稳定在两种截然不同的生态状态之一：一种是多样、以竞争为主的状态，与维持健康关联；另一种是由规模较小、彼此高度协同的细菌群主导的状态，与炎症性肠病、艰难梭菌感染、肠易激综合征和结直肠癌等疾病相关。
科学家据此设计了“生态网络平衡指数”（ENBI），用于量化肠道菌群中正向（合作）与负向（竞争）相互作用的相对强度。将 ENBI 应用于多种人群数据后，该指标能稳定地区分健康个体与疾病患者，并在结直肠癌等疾病中随病程进展而上升。该评估方法有望成为基于个体粪便样本的非侵入性早期健康评估和某些疾病的早期预警检测。
从这一视角看，人们理解肠关键道益生菌和粪菌移植为什么其临床效果“时好时坏”：关键问题不在于缺少或增加了某个特定肠道菌种，而在于“菌群关系网络”被破坏或重新建立，仅仅添加某种肠道细菌并不足以恢复系统（提供某些益生菌补品），重建完整的菌群互动才是关键所在。
未来，基于肠道菌群相互作用网络，而非“菌种列表”的健康匹配，有望让粪菌移植和肠道微生物组干预方法更加个体化和可预测。
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