水有着双重特性。当它在玻璃杯或河流中自由流动时,它是我们所熟知的温和的液体。但当它被困在蛋白质或合成分子的微小空间里时,它就会发生变化。它变成了“高能水”——分子被挤压到如此狭小的空间,以至于它们储存了额外的能量,并急于逃脱。可以把它想象成气球里的空气:如果挤压得太紧,一旦有缝隙,它就会喷涌而出。
在一项新研究中,发表在Angewandte Chemie International Edition,卡尔斯鲁厄理工学院(KIT)和不来梅的构造大学的研究人员表明,这种被限制的高能水可以主动推动分子结合,而不仅仅是静静地待着。
“通常,水分子之间的相互作用通常是最强的。然而,实验数据表明,水在如此狭窄的空间中表现得异常,”KIT的弗兰克·比德曼博士说。
这意味着,当被困的水最终被置换时——例如,当另一个分子占据它的位置——释放的储存能量会增强新的化学键。这是一种分子动力的助力,直接源于水分子的特性。
被困的水,蕴藏的能量
为了理解这一现象,研究团队——杰弗里·塞蒂亚迪、迈克尔·K·吉尔森、维尔纳·M·瑙和弗兰克·比德曼——从分子层面研究了分子限制现象。他们构建了一个名为葫芦[8]脲(CB8)的分子模型。CB8的形状像一个空心的南瓜,作为一种分子“宿主”,能够在其腔体内捕获较小的“客人”分子。
团队想要观察在客人到达之前,被困在这个空间里的水会发生什么。通过分子动力学的模拟,他们发现将水推出这些微小笼子的能量成本变化非常大——从几乎没有到每摩尔高达+37千卡的差异非常大。
这种变异是关键。当腔体内的水处于高能状态——意味着其分子无法形成通常的氢键网络,并被挤压到不自然的位置——它就准备好逃逸。当一个新分子进入并将这种紧张的水推出时,释放的积累能量有助于加强新的化学键。
“水的能量激活程度越高,当它被置换时,就越有利于客体分子和宿主之间的结合,”沃纳·瑙教授解释道。
简而言之,水就像一个弹簧。释放它提供了增强化学连接的动力支持。
为什么高能水很重要
化学家们一直在争论,受限空间中的水是推动分子结合,还是仅仅伴随分子结合。有些人称其为“高能水”,而有些人则用更具诗意的“不快乐水”来形容其不稳定的热力学状态。还有人认为没有确凿的证据支持高能水的存在。
这项新研究部分解决了这一争论。通过系统模拟水在分子腔内外的行为,研究人员表明,受限水确实能使分子结合得更紧密。
“获得的数据清楚表明,高能水分子的概念是有物理基础的——而这些水分子在分子键形成过程中是一个核心驱动力,”比德曼说。
有趣的是,这种行为与生物系统相似。蛋白质通常含有充满被困的水的缝隙,当药物分子结合时,这些水就必须被排出。例如,抗体可能利用移动水时释放的能量来抓住像 SARS-CoV-2(导致 COVID 大流行的病毒)这样的病毒蛋白。“即使是自然抗体,比如针对 SARS-CoV-2 的抗体,它们的有效性可能部分得益于将水分子进出结合腔的方式,”比德曼指出。
在药物设计中,化学家可以利用这一知识来设计分子,故意将“不开心”的水从目标蛋白中排出,从而增强药物与目标的结合紧密性。在材料科学中,设计能够战略性管理或释放水的腔体,可能会带来更好的化学传感器或储存系统。因此,下次水被困时,它可能不是麻烦——而是一种特性。
这些发现发表在《Angewandte Chemie International Edition》期刊上。
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