工具推荐 | SDMap：让药物反应可视化的空间数据库（二）

上期简要介绍了，这次我们来看具体应用。

1.Search

我们随机选择一个部位：Oral（部位是口腔），同时在很多药物中选择了：LY-294002（经典 PI3K 抑制剂（磷脂酰-3-激酶）），接下来展示其结果。

1.点击Details查看，这页展示的是LY-294002（PI3K 抑制剂）在 GSM6339632_s2 这个组织切片（10x Visium空间转录组数据）中，对不同细胞类型(cell types) 和 微环境生态位 (niches) 的影响关联分析结果（即药物-细胞响应的差异表达显著性情况）。

给我们展示的是药物的基本信息，其靶点是MROT，以及GSM6339632_S2这个样本的具体信息（GE0中将GSE定义为一个数据集，GSM定义为样本A）。可以看到在CellTypes中，分别展示了恶性细胞、上皮细胞、软骨细胞、干细胞、平滑肌细胞、内皮细胞、巨噬细胞这几种细胞在该药物的作用下

(以上解释来自于gpt)

PI3K/mTOR 抑制剂 LY-294002 在口腔癌组织中主要抑制恶性肿瘤细胞、上皮细胞，说明癌细胞对PI3K-AKT-mTOR 通路依赖性更高。

(以上解释来自于gpt)

不同的空间区域（如肿瘤中心、浸润边缘、间质区等）对药物反应程度不同，表格显示niche 6、11、8、5、2 是最对 LY-294002 反应敏感的区域。

总结：SDMAP 分析显示，PI3K 抑制剂 LY-294002 在口腔原发肿瘤（OSCC）的空间转录组切片(GSM6339632_s2) 中显著抑制恶性肿瘤细胞、上皮细胞。受抑制细胞主要集中在特定空间生态位（niche 6 / 11 / 8），提示不同微环境区对药物的敏感性存在空间异质性。剩下想要看具体内容点击前面的图标就可以啦！

2.Browse

该网页展示了很多种药物以及相对应的疾病种类，所以我们可以看一种药在不同肿瘤中对应反应。也可以看一种肿瘤对应的多种药物的结果。

3.Tools

(以上注释来自gpt)

每个功能进去可以继续选择其拥有该功能的数据集从而继续选择对应的剂量等。

点击下载我们可以看到，这些数据大部分来自10X家，可以下载3种内容，分别是：matrix(rds格式)，results(csv格式)，可以下载去研究。

其实酸杏觉得该数据库数据庞大，可以：1.自己想看的靶点药来SDMAP数据库逛一圈看看其对应的细胞类型/肿瘤类型是否和自己想要的结果一致，相当于定心丸。进一步去GEO搜索其对应的样本所对应的文章，了解其具体方法（药物来源、剂量、时间等，结果展示等）（尤其是一种罕见药物时，该数据库的作用尤为重要）。2.如此大的数据量，可以写一篇总结性文章！