明灭亡后的朱明后裔，大部分都死于抗清斗争，最后一支覆灭于台湾

公元1644年（明崇祯十七年，清顺治元年，大顺永昌元年，大西天命三年），李自成攻破北京之后，明思宗朱由检在煤山上吊自殺，存在了近300年的明朝灭亡了。

在崇祯帝自杀的三年前，万历皇帝朱翊鈞的小儿子福王朱常洵一家人在洛陽被殺，只有福王世子朱由菘一人逃出；襄阳王朱翊铭一家也被张献忠灭门；其余大小诸王也在农民起义的打击下死的死逃到逃。可以说，明清交替之时，朱明王朝的宗室成员绝对是哀鸿遍野。

不过，朱明宗室并没有被赶尽杀绝，所以其余存活下来的后代都到哪儿去了呢？

部分朱明宗室南下，建立南明政权

1644年4月初，福王世子朱由菘与潞亲王朱常淓、崇亲王朱常渲和周王世孙一起逃亡到淮安。

同年4月中旬，朱由菘就被凤阳总兵马世英迎至南京。由于明朝实行两京制，所以当北京被闯军攻陷之后，南京依然留有一整套完整的行政机构。到了5月4日，南京的的官员们就推举朱由菘作为监国。朱由崧在当了监国仅仅10余日后，就在15日时在群臣的拥立下称帝建制，并改元弘光。這是朱明宗室所建立的第一个南方政权，由此也拉开了18年的南明历史。

弘光政权被灭后，又有杭州的潞王朱常淓（1645年）、金陵的崇祯太子朱慈烺（可能是貌似太子的王之明。1645年）、抚州的益王朱慈（1645年）、绍兴的鲁王朱以海（1645－1653年）、桂林的靖江王朱亨嘉（1645年）等监国政权先后建立。

其中，1645年6月，唐王朱聿键在郑芝龙等人的支持下，在福州称帝，年号隆武，这就是南明第二个称帝个隆武帝。隆武政权持续时间也不长，很快就覆灭了。隆武帝朱聿键死后，其弟唐王朱聿鐭（1646年）继位于广州，改明年为绍武元年，是为邵武帝；桂王朱由榔（1646－1662年）称帝于肇庆，改元永历，是为明昭宗。

此外，还有说法是韩王朱本在闯将郝永忠（又名郝摇旗）的支持下，在1646年称帝，年号定武。定武政权一直坚持到了1664年（康熙三年），成为南明王朝持续时间最长的一个政权。

南明宗室大部分都死于抗清斗争

1646年11月18日永历称帝后，这个政权就不断遭受清军的攻击，所以从肇庆不断向西撤退，一路上先后败退至全州、武岡、南宁等地。在此期间，一大批忠于朱明或者对清廷不满的将领们带兵顽强抵抗，使得永历帝的南明军队没有像此前各个政权那样快速瓦解。

但是永历政权内部派系斗争不断，使得他们的局势不断恶化。到了1657年（清顺治十四年，南明永历十一年），大将孙可望兵败投降。次年，也就是1658年（清顺治十五年，南明永历十二年）清军分兵三路对云南发起攻击，而且云贵等地很快陷落。永历帝朱由榔在大將李定国的保护下且战且退，最终逃到了缅甸。后来，缅甸国王在吴三桂的逼迫下，将永历帝绑在了他面前，被杀害于云南昆明。

与永历帝一同遇害的还包括，末代吉王朱慈煃等明朝宗室，不过他们是死在了緬甸，随扈的宗室无一幸存。自此，南明永历政权覆灭，朱明宗室也大多死于非命。

最后一支明朝宗室覆灭于台湾

前文所提及的定武政权朱本，自1646年在鄂西山区开展反清斗争坚持斗争了近20年。但是到了1663年（康熙二年，定武十八年），郝摇旗率兵在攻打四川巫山时被吴三桂击败，他本人也在兵败被俘后惨遭杀害。在失去最大的依仗之后，1664年（康熙二年，定武十八年）定武帝朱本也兵败被杀。

由于定武帝到底是朱明宗室，还是农民军为斗争需要而采取的权宜之计无法确认，所以很多人不承认朱本是南明皇帝，也对定武政权不予承认。不过，郝摇旗营中确实曾有几位藩王，一位是“东安王”朱盛蒗（楚藩宗室），一位是“通山王”朱蕴釨（亦为楚藩宗室），另一位是“韩王”朱璟溧（出自韩王宗室，但非明朝册封）。所以，随着定武政权的覆灭，他们的命运也可想而知。

如果说定武帝无法确认真伪，那么鲁王朱以海担任监国的政权绝对是正宗朱明皇族。在其兄鲁王朱以派自缢殉国后，朱以海在坚持斗争一段时间后，甚至在1648年（鲁监国三年，清顺治五年）曾一度取得收复了闽东北三府一州二十七县的佳绩。但最终还是抵抗不住清军的攻势，南逃到厦门依附于郑成功。之后，又随着郑成功辗转进入台湾，之后又流落在海外，最终在1662年（康熙元年）病逝在金门。

在鲁王朱以海病逝后不久，辽王后裔宁靖王朱术桂到台湾监军，同行包括鲁王世子朱弘桓、泸溪王朱慈爌、巴东王朱尊江等诸明朝宗室及同乡仕绅等八百多人。公元1683（康熙二十二年），施琅收费台湾之后，朱术桂与随侍在侧的五位王妃自杀殉国。自此，朱明宗室的几乎消亡，他们的抗清斗争也就此结束。