上海
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有了DeepSeek，现在分析芯片数据、常规转录和单细胞转录组数据，越来越容易！果友在分析GSE23475的时候，发现只能拿到芯片的表达数据和分组信息，但是无法获得探针信息，也就是说，无法通过常用的办法获得基因名称。我们做了下尝试。
这是韩国人2011年一篇文献里的胃癌数据，总共26个样本。由于探针平台GPL10982没有提供探针和基因对应关系的信息，导致基因信息无法获取。韦恩图、热图和表格展示胃癌肿瘤组织和对照组织中的差异基因。
我们用UCSC网站上的参比注释文件，获得了基因信息，做了差异分析。
有些差异基因是跟文献对应的，有的不匹配。主要是参比文献有些过时。这种情况下，反过来做似乎更好，那就是先做差异分析，然后将差异基因的ID信息与参比文件做比对。这样得到的差异基因应该更多！这种方法在GEO官网上即可实现——GEO2R。
最后下载差异基因列表，进行ID转换，也是办法。不过，还是需要探针ID转换。参比文件在UCSC官网：http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/database/
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