36个样本，55种亚型，这篇树突状细胞研究好在哪？

富含免疫调节分子成熟树突状细胞 (mregDC, Mature and migratory dendritic cells)是一类特殊的细胞类群。既往研究认为，高密度mregDC与黑色素瘤高生存率密切相关，但与其他 DC 亚群相比，这种状态的表观遗传特征及其与 T 细胞互作的特征仍不清晰。

2025年9月，Nature Communications 杂志发表题为Mature and migratory dendritic cells promote immune infiltration and response to anti-PD-1 checkpoint blockade in metastatic melanoma的研究成果。研究人员分析来自36个转移性黑色素瘤样本的单细胞RNA-seq数据，定义14种细胞类型、55 种亚型，重点探究免疫检查点抑制剂不持久的原因。

为了分析TME 内亚型丰度动态的变化，作者计算了细胞亚型与其各自细胞类型相比的相对比例。然后，在样本之间的这些相对比例之间进行相关分析，通过无监督分层聚类识别了六个不同的模块。在模块1 中，mregDC 亚型显示出与 CD8 Tn、CD8 HNRNPH1 + Teff、CD4 Tn、CD4 CD69 + T 细胞和幼稚 B 细胞的强关联。模块 2 以 CD8 FTL+ Tex 细胞、CD4 Treg 细胞、血浆 B 细胞和两个肿瘤元程序（MYC 和未折叠蛋白反应）之间的相关性为特色。这些关联表明免疫功能受到抑制。模块 3 包括 cDC1 和 M2 巨噬细胞等细胞。在模块 4 中，CD8 GZMK+细胞，CD4 Tm 细胞，与细胞周期相关的肿瘤元程序以及经典和非经典单核细胞之间出现了相关性。这些细胞亚型指向效应 T 细胞功能。模块 5 包括一个耗尽的 T 细胞亚型 CD8 Texme 和两种髓系细胞亚型 cDC2 和 TAM，显示出免疫耗竭特征。最后，模块 6 由参与抗原呈递和应激反应的细胞组成，包括与干扰素/ MHC-II 和应激（体外）相关的肿瘤元程序，以及 M1 巨噬细胞。

在确定细胞亚型及其丰度与治疗反应的关系时，当分析单用ICI（组合或抗 PD1）处理的样本时，无反应者中检测到更多的呼吸肿瘤元程序和M2 巨噬细胞的肿瘤细胞；反应者中检测到更多的经典单核细胞和 mregDC。cDC1 和 cDC2 都与所有样本或样本子集的治疗反应无关。而且，mregDC 在其他疗法的样品中没有显示出不同的丰度，表明成熟和调节表型的 cDC相对比例可能会影响肿瘤对 ICI 的反应。

mregDC 表现出 LAMP3、FSCN1、CCL19 和 CCR7 表达升高。差异表达分析揭示，与cDC1 相比，mregDC上调基因富集在参与细胞因子信号传导、T 细胞共刺激和共抑制的通路。与 cDC2 相比，mregDC 上调的途径主要与病毒感染的 T 细胞活化等有关，而下调的途径包括对细菌的免疫反应。轨迹分析表明，cDC1 和 cDC2 都具有转变为mregDC 的潜力，这与使用小鼠 cDC 的实验研究结果一致。细胞间通讯分析发现，mregDCs 在肿瘤微环境中的免疫刺激和调节作用，及其从 T 细胞和其他髓系细胞接收到的存活和激活信号。

DC表观基因组景观

该文章信息量巨大（围绕热点：DC、ICI、肿瘤转移、患者异质性），寥寥几语表达不清作者对于DC的描述，请果友阅读英文原文。文章围绕多种测序展开，也是给大家提供研究思路，作为参考书的一篇文章（移步补充图看看呢）！