Nature子刊：何川团队开发RNA修饰测序新方法——LIME-seq，可用于癌症早筛

编辑丨王多鱼

排版丨水成文

循环游离 RNA（cfRNA）是一类存在于血液中的短片段 RNA，被认为来自机体细胞凋亡、组织更新或外泌体释放。然而，cfRNA 易被 RNA 酶降解、含量低、片段短，长期以来它并不被视为液体活检的理想材料。

2025 年 7 月 8 日，芝加哥大学何川教授团队、香港科技大学张理升教授团队等（芝加哥大学博士生鞠成威为第一作者）在Nature Biotechnology期刊发表了题为：Modifications of microbiome-derived cell-free RNA in plasma discriminates colorectal cancer samples 的研究论文。

该研究开发出一种新型RNA 修饰测序方法——LIME-seq（Low-Input Multiple Methylation Sequencing），并进一步验证了其可用于癌症早筛。

在这项最新研究中，研究团队开发了一种低输入量多重甲基化测序方法——LIME-seq（Low-Input Multiple Methylation Sequencing），用于分析 cfRNA 中的修饰模式，其能够检测到源自人类基因组和微生物组的多种 tRNA（transfer RNA）和小非编码 RNA（small noncoding RNA）。

其中，微生物组来源的 cfRNA 中的 RNA 修饰模式能准确反映宿主微生物群的活动，研究团队在结直肠癌患者和非癌对照者血浆样本中进行了 LIME-seq 分析，结果显示，结直肠癌患者血浆中多种微生物来源的 cfRNA 甲基化水平显著升高，能够精准区分癌症患者与非癌个体。此外，研究团队在胰腺癌患者样本中观察到了同样的微生物来源的 cfRNA 甲基化水平的差异，表明 LIME-seq 分析可用于肠道及非肠道癌症的早期检测。

这项研究首次在超过百例受试者的临床样本中，系统性地展示了 cfRNA 修饰图谱在癌症早筛中的可行性与有效性。该研究不仅揭示了微生物来源的 cfRNA 广泛存在于人类血浆中，而且明确了其修饰水平的变化与肿瘤状态密切相关。相比传统的 RNA 表达量检测，cfRNA 修饰更稳定、信号更早，尤其适用于捕捉癌症早期的微弱生物学变化，该研究开发的 LIME-seq 几乎，为 可结直肠癌集其他癌症的早筛提供了新思路。

论文链接：

https://www.nature.com/articles/s41587-025-02678-w