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一文读懂:PCR 技术的前世、今生与未来!

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摘要:PCR(聚合酶链式反应)已成为生物科学、诊断和法医学领域极具价值的技术之一。本文回顾了 PCR 的发展历史,包括从最初的发明到不断改进的过程;介绍了其在生物科学中的广泛应用,涵盖疾病诊断、法医学等多个领域;探讨了基于微流控平台的 PCR小型化发展,以及由此衍生出的如数字 PCR 等技术;还分析了 PCR 面临的挑战商业化进程。展望未来,PCR 在分子诊断等领域将发挥更重要的作用,微流控技术和 POC 检测的发展将进一步拓展其应用范围。

一、PCR 技术的发展历程

PCR 技术的发明是生物学和遗传学研究的重大突破。最初,Mullis 发现桑格测序法在检测单拷贝基因时信号微弱,通过添加变性步骤反向引物,实现了 DNA 拷贝的扩增,但当时每轮 PCR 都需添加聚合酶,操作繁琐。随后,“Baby Blue” 自动化系统解决了这一问题(图 1A)。

利用水生栖热菌的Taq 聚合酶(能耐受 94°C 高温),无需每次添加新鲜聚合酶,推动了 PCR 技术的发展。同时,出现了自动时域温度循环仪和空间域系统(图 1B),目前时域系统更为常用(图 1C)。

二、PCR 在生物科学中的应用

PCR 最初用于检测导致镰状细胞贫血的 HBB 基因突变,通过放射性标记寡核苷酸杂交和限制性分析来寻找遗传突变,β - 珠蛋白基因序列成为首个酶促扩增对象(图 1D)。

在此基础上,PCR 技术不断拓展应用领域。在临床遗传学和微生物学中,用于检测病毒和细菌感染等;在法医学中,通过多重 PCR 分析多态性微卫星位点,实现对微量人类 DNA 的分析(图 1E、1F、1G)。实时定量 PCR(qPCR)和逆转录 PCR(RT - PCR)的出现,使其成为核酸定量分析的金标准。

三、基于微流控平台的 PCR 小型化

微流控技术推动了 PCR 设备的小型化发展,出现了多种基于微流控的 PCR 系统。

液滴式系统:将样品分割成液滴,在微流控通道中进行细胞裂解、DNA 提取、PCR 和荧光检测等操作,常用于单细胞研究(图 2C)。

芯片式系统:通过微加工制造不同结构的芯片,样品在芯片的孔或通道中进行 DNA 扩增,具有便携性和快速性(图 2D)。

混合系统:将 PCR 主混合液分配在固定位置,形成虚拟反应室,进行热循环和荧光检测 (图 2E)。

四、从 PCR 衍生出的技术

数字 PCR(dPCR):基于微流控技术,将 PCR 样品分割成数千甚至数百万个子样本,可实现 DNA/RNA 拷贝数的绝对定量,包括液滴式数字 PCR(ddPCR)和芯片式数字 PCR(cdPCR)(图 2A)。

等温扩增:如环介导等温扩增(LAMP)和重组酶聚合酶扩增,无需温度循环,设备设计更简单,功耗更低,还可结合 CRISPR - CAS 系统检测扩增产物 。

五、PCR 面临的挑战

PCR 的实际应用效果受样品质量影响很大,样品中存在的多种PCR 抑制剂会导致假阴性结果或提高检测限。此外,富含 GC 的 DNA 序列扩增困难,因为会形成二级结构阻碍变性和引物退火。PCR 设备的小型化也面临挑战,需要有效分离和预浓缩低体积样品,以达到与传统实验室相当的灵敏度。

六、PCR 的商业化进程

PCR 的商业化主要体现在自动化仪器和高性能试剂的发展。许多公司参与其中,推动了 PCR 技术的普及和应用。基于微流控平台的 PCR 系统,如 Cepheid 的 GeneXpert,实现了从样品到结果的一站式操作;数字 PCR 技术也实现了商业化,其微流控系统可处理超过 100 万个样本。

七、PCR 的未来展望

PCR 在下一代测序(NGS)等技术中不可或缺,未来在分子诊断领域将发挥更重要作用。微流控技术将实现手持 POC 系统的平行多样本分析,可用于分析免疫磁外泌体 RNA、单细胞 mRNA 和 miRNA 等。纸基 PCR 或 LAMP 系统将在分子诊断中得到广泛应用,法医学也将实现现场 DNA 分析。此外,PCR 诊断系统可能联网形成 “物联网”,便携式 dPCR 系统将用于临床诊断、法医学和环境研究等领域。

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