上海
用差异分析的办法筛选兴趣基因做生信论文，是常规的生信套路之一，也是最容易生信入门的角度之一。在掌握基本的 R 操作后，进行GEO和TCGA数据挖掘或复现，大概是提升 R 操作和生信能力最有效的途径之一。即使在顶级期刊，自测数据+公共数据的论文也很常见。当然，这就需要结合专业背景和湿实验了！
我们分享2025年1月发表在 Advanced Science 杂志上，题目为Integrin β8 Facilitates Macrophage Infiltration and Polarization by Regulating CCL5 to Promote LUAD Progression的研究论文。生信筛选靶基因，实验验证，阐明机制，再到治疗的思路。
差异分析（GEO芯片数据、TCGA二代测序数据＋单细胞测序数据）。表达有差异，差异影响预后。这里比较新颖的点在于，作者把靶基因和巨噬细胞Marker基因CD163纳入进来，提示ITGβ8可能通过影响巨噬细胞的浸润，从而影响患者预后。
临床病理特征的三线表。建议大家不管是用公共数据还是课题组自有样本，都要做。
实验验证ITGβ8是否影响巨噬细胞的极化（表型），基于Fig1的假设而来的。环环相扣。
有了表型，就要探究分子机制了。
具体的信号通路。
动物模型，进一步验证 ITGβ8通过影响巨噬细胞极化，从而影响预后。
因此，该研究发现ITGβ8在LUAD中上调，并与不良预后显著相关。 ITGβ8可通过激活PI3K/AKT/IRF9/CCL5轴调控巨噬细胞极化和募集，从而促进LUAD的进展；TAM产生的IL8和IL10又通过原癌基因SPI-1促进ITGβ8在肿瘤细胞中的转录。因此，肿瘤细胞与TAM狼狈为奸，促进肿瘤进展。
在这篇论文中，肿瘤细胞分泌的CCL5招募的是肿瘤相关巨噬细胞TAM，表型是促进肿瘤；而在我们的精读文献第一篇中，肿瘤细胞分泌的CCL5招募的是 T 细胞，表型是抑制肿瘤。两者的不同点在于肿瘤类型，这篇文章是肺癌，而经典文献是卵巢癌。难道说在不同肿瘤类型背景下，CCL5的作用会有这么大的差异嘛？
答案是肯定的！CCL5的受体是CCR5。CCR5在单核细胞和Th1细胞、CD8+ T 细胞上均有表达。CCL5最终发挥促进肿瘤还是抑制肿瘤的作用，取决于肿瘤微环境中高表达CCR5的细胞类型，而不是其表达本身！。
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