华大基因联合开展胃肠间质瘤相关研究，探索精准治疗方案

2024年11月3日，华大基因智惠医学研究院与中国科学院上海营养与健康研究所、上海交通大学附属仁济医院开展合作研究，并在Nature Communications期刊上发布了本次重要研究成果。该研究不仅发布了胃肠间质瘤基因组与转录组全景图，还提出了基于多组学的分子分型，并鉴定出新型抑癌基因YLPM1，为胃肠间质瘤（GIST）的发病机制及实现其精准治疗开辟了新的理论视角和实践策略。

肉瘤是原发于间叶组织的恶性肿瘤的统称，迄今为止至少存在70种病理亚型。胃肠间质瘤（GIST）是最常见的肉瘤类型，其可能源自胃或小肠。临床上，GIST作为一种交界性肿瘤，恶性程度不一，如有的小GIST呈“惰性”形态，在较长时间内不会进展，但也有部分的GIST进展较快，容易发生转移。但在过往癌症基因组图谱（TCGA）肉瘤专项中，GIST并未被纳入。此外，即使前期的GIST遗传学研究已识别出若干驱动基因，如DMD、DEPDC5、MAX和SETD2等，但关于GIST系统性的基因组和转录组图谱的报道也仍处于空白。

由此，华大基因联合多家医疗机构开展的此项研究，接收了来自105名患者的117例胃肠间质瘤（GIST）样本，并运用全基因组测序（WGS）、外显子组测序（WES）及转录组测序（WTS）等多组学技术平台进行综合分析。研究结果显示，GIST肿瘤突变负荷低，且伴有广泛的拷贝数变异，随着肿瘤恶性程度的提升，其遗传学变异呈现增加的趋势。此外，在原发高危和转移性GIST中，能观察到染色体碎裂（chromothripsis）与突变阵雨（kataegis）等复杂遗传学变异显著富集的现象。同时，该研究还鉴定出新型抑癌基因YLPM1，并证明其失活后可通过促进氧化磷酸化过程，加速GIST的生长与进展。通过对比同一患者不同转移灶及原发/转移配对肿瘤，可进一步揭示转移GIST复杂的遗传学异质性。

此外，华大基因研究团队的研究人员还综合转录组、基因组及拷贝多组数据，确立了四种具有独特基因组、表达谱、免疫学以及临床特性新的分子亚型。针对这些亚型，华大基因与其研究团队提出并验证了特异性治疗策略，即C1亚型患者仅凭手术切除即可长期受益；C2亚型（小肠间质瘤）患者可从免疫治疗中获益，而C3亚型（胃间质瘤）患者则不适用此种治疗方法；C4亚型预期可从PDGFRA的分子靶向治疗中受益。

此次研究成果不仅充实了胃肠间质瘤发病机制相关研究，还为深入理解其病理基础提供了重要依据，为后续探索精准治疗方案开辟了新途径。未来，华大基因将持续秉承“基因科技造福人类”的企业使命，深化肿瘤防治领域的相关研究，助力精准医学的发展，为人民增添更多健康福祉。