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土地增值税清算，是指纳税人符合土地增值税清算条件后，依照税收法律、法规及有关政策规定，计算应当缴纳的土地增值税税额，并填写 《土地增值税纳税申报表》，向主管税务机关提供有关资料，办理 土地增值税清算手续，经税务机关审核后， 结清土地增值税税款的行为。
政策依据：
纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。具体办法由各省、自治区、直辖市税务局根据当地情况制定。
（《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第十六条）
清算单位划分的依据：
土地增值税以房地产主管部门审批、备案的房地产开发项目为单位进行清算。
对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。
注意：同一个项目既建造普通住宅，又建造其他类型房地产的，应分别计算增值额、增值率，分别清算土地增值税。
举个案例：
纳税人清算开始时点：
一、符合应进行土地增值税清算条件的：
纳税人应当在满足条件之日起 90日内向主管税务机关办理清算申报手续。
二、符合可进行土地增值税清算条件的：
由主管税务机关下达清算通知，纳税人应在收到清算通知之日起90日内办理清算申报手续。
基本流程图
清算资料报送：
（一）土地增值税纳税申报表及其附表。
（二）与清算项目有关的书面说明及相关佐证资料，主要内容应包括房地产开发项目立项、用地、容积率、分期开发情况、成本费用的计算和分摊方法、销售、关联方交易、融资、不同类型房产的销售均价、房地产清算项目税款缴纳等基本情况及主管税务机关需要了解的其它情况。
（三） 主管税务机关要求报送项目会计资料的，还应提供会计凭证资料。
（四）纳税人可自愿委托涉税专业服务机构代理申报、审核鉴证；已委托涉税专业服务机构代理申报、审核鉴证的纳税人，应报送涉税专业服务机构出具的报告。
（五）纳税人如未按省局规程第十六条规定报送相关资料的，应一并补正。
材料注意环节
（一）取得土地、立项与规划环节
1.土地权属证书、出让（转让）合同或其它相关资料；
2.立项批准或备案文件、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等。
（二）项目工程施工环节
1.预算书、施工合同及补充协议等；
2.工程施工许可证；
3.招标的项目需提供中标通知书。
如项目的建筑工程、安装工程、室外配套工程、其它工程出现特殊情况可能导致工程造价高于当地扣除项目金额标准的，提供说明其合理性的相关佐证资料，例如工程施工图、竣工图、工程量清单、材料苗木清单（总平面乔灌木配置图）等。
（三） 销售（预售）商品房环节
1.销售（预售）许可证；
2.月度销售明细表。
（四）项目竣工验收备案环节
1.政府主管部门出具的规划、人防、竣工综合验收等备案资料；
2.工程竣工图、工程结算书电子文档；
3.工程造价数据采集信息。
（五）取得房地产权属证明环节
1.房屋测量成果资料；
2.初始产权登记资料。
（六）其它资料
如工程规划、设计、勘察、监理合同，拆迁（回迁）合同，签收花名册等资料。
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