永乐二十二年七月十八日，朱棣在亲征蒙古的归途中突发急病，逝于榆木川。皇太子朱高炽登基，改元“洪熙“。朱高炽即位后，随即对其父朱棣的一系列政策进行调整，迁都问题就是其中的重点之一。
与朱棣不同的是，朱高炽对南京怀有深厚的感情。 在永乐十八年底回到北京之前，朱高炽曾长期生活在南京，并在朱棣离开南京期间，以皇太子的身份在南京监国。更重要的是，朱高炽对其父的迁都之举并不认同， 此前虽碍于身份不便公开反对，但重新回归南京应该是其真实的想法。
事实上，登基后的朱高炽，立即启动了回迁南京的准备工作。为减小阻力，他首先对高层官员进行了人事调整。其次，又允许主张回迁的南方籍官员发声，为回迁南京提供舆论支持。如永乐二十二年九月，监察御史苏州人金庠奏请皇子率重兵镇守南京，为回迁作准备。
此年年底，监察御史吉安人胡启先，也提议皇太子镇守南京。而洪熙元年（1425）二月的南京地震，则为朱高炽提供了绝好的理由，回迁南京的进程由此加速。
三月， 朱高炽下令在北京诸司前加“行在”，同时恢复北京行部及北京行后军都督府。此举实际上就是取消了北京的京师地位。此年四月，皇太子朱瞻基由重臣陪护到达南京。而王景弘等一批高级官员也被派往南京，开始全面修缮南京宫殿等。
但出人意料之外的是，原先身体一直欠佳的朱高炽，突然于五月十二日病逝。在其遗诏中， 朱高炽明确要求迁都南京，其理由是北京建都，“南北供亿，军民俱困”。 不过，其继任者宣德帝朱瞻基，对此却并不认同。 父子两人在迁都问题上的态度，可谓南辕北辙。深得祖父宠爱的朱瞻基，自幼就跟随在朱棣的左右，长期生活在北方，对北京有着较深的感情。因此，即位以后的朱瞻基，并不愿意迁都南京，但又碍于其父朱高炽遗诏的约束，也不便公开反对。
事实上，当时要求迁回南京的呼声仍然高涨。如洪熙元年闰七月有位叫尹嵩的低级官 员，就上书朝廷，声称南京
“江山雄固，水陆皆通。国用所需，民力易办。供需漕运，与夫四方朝贡，道里适均， 天下咸以为便”，如果“皇上回銮南京，则深慰军民之 望”。
至于北京，则应该转换其功能，并将其改造成一个 “固当世守”“以备边防”的军事城市。尹嵩的这种看法， 在当时有着相当大的影响力。 面对巨大的迁都压力，朱瞻基连出妙招，一一予以化解。他首先在北京为其父营造献陵，从而彻底排除了其归葬南京的可能。其次，朱瞻基在即位之初，先是继续推进甚至扩大此前已经启动的南京修缮工程。此举可谓一箭双雕：表面上可以昭示先帝的遗愿正在实现，而事实上却成为滞缓回迁南京的冠冕堂皇的借口。
不过到了宣德三年，朱瞻基又突然下令停止南京的工程，而这一举措实际上就是朱瞻基放弃南迁的明确信号。与此同时，朱瞻基开始启动北京城的大规模修缮工程，包括 先前被烧毁的三大殿。此外，又宣布废止北京作为行在或陪都的标志性机构，即北京行部和北京留守行后军都督府。 尽管成功遏制住了将都城回迁南京的势头，但朱瞻 基终其一生，始终没敢去掉北京前面的“行在”二字，重 新恢复其京师的地位。
作为当时事实上的政治中心，北京有京师之实却无京师之名，而南京的处境正好与此相 反。这一尴尬局面的长期存在，严重影响到朝廷的行政效率，自然也引起了朝野的普遍不满。
正统六年（1441） 八月，宁波府知县郑恪上书朝廷，提出具体解决方案。 他认为，北京“诸司文移印章，仍尚行在之称，名实未当”，因此要求将北京“正名京师”，而“南京诸司宜改曰南京某部某府”。
该方案的核心内容，就是设立以北京为京师、南京为陪都的两京制。这一建议，尽管曾被一度压制，但最终还是成为后来打破僵局的基本思路。 正统六年十月，正统帝朱祁镇（英宗）开始在奉天殿视朝，并移居乾清宫。为此，朱祁镇派遣官员分别祭告天地、宗庙、社稷和山川诸神。不久，他又正式下令去掉北京中央诸衙门之前的“行在”二字，南京中央诸衙门则一律加上“南京”二字。
至此，北京重新1地位，而南京则降格为陪都。明初开国以来前后持续 70 余年的定都问题，至此终于尘埃落定！
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