既有扬州东站为连镇高铁的中间站，站房面积28000平方米，为线侧+线下式车站。规模为 2 台 6 线，敷设形式为高架站，站房设置于车站东侧，于站对右设综合维修工区，设大机停放线 1 条，接触网作业车停放线 1 条，轨道车停留线 2 条。
本次中标的沪渝蓉高速铁路扬州东站，将在其西侧新建沪渝蓉高铁场及扬马城际高铁场。建成后的扬州东站，将实现新建站房与既有站房的纵深延续，成为总建筑面积超6万平方米体量的大型站房建筑。
新建沪渝蓉高铁场按高架车站设计，设到发线 7 条（含正线），设岛式中间站台 3座（与规划扬马城际场共用 1 座），设 450 米×12 米×1.25 米侧式中间站台 1 座；在沪渝蓉场南京端预留北东及东北联络线引入条件。规划扬马城际场设到发线 5 条（含正线 2 条），设岛式中间站台 3 座（与沪渝蓉高铁场共用 1 座）。规划扬马城际场北端规划动走线 1 条。车站上海端采用 1.5‰坡度，车站规模高程 21.97m，与连淮扬镇扬州东站设计高程一致。
在扬州东站南京端东侧，沪渝蓉与 X202 县道之间的夹心地设综合维修工区和存车场各 1 处，其中综合维修工区为沪渝蓉高铁与连淮扬镇铁路共用。维修工区设有效长满足 300m 的大机停放线 1 条、有效长满足 300m 的供电抢修列停放线 1 条、有效长满足 120m 的接触网作业车停放线 2 条、有效长满足 120m 的轨道车停留线 2 条，工区走行线与车站到发线接轨前设安全线 1 条。存车场近期设存车线 4 条，预留 4 条存车线扩建条件。
新建扬州东站秉承“站城融合”的设计理念，由原先独立站房设计转变为站房、站前枢纽及地下空间的整体规划。设计方案围绕“畅通融合、绿色温馨、经济艺术、智能便捷”的方针，结合扬州当地文化元素，彰显历史文化与新时代高铁文化的深度耦合，力求把扬州东站打造成“古韵今辉”的新地标。
设计方案从交通实际出发，利用竖向交通换乘核心，实现多种交通与国铁枢纽的便捷换乘。
设计方案运用生态湿地的景观布局手段，将扬州东站打造成为花园中的滨水绿舟。站房在造型设计上与既有站房相互呼应，以“春风十里起风帆·烟花三月载绿舟”为设计构思，打造1+1>2的整体形象。
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