按照赔付（索赔）条件的有无，保函可分为有条件保函和无条件保函两种：有条件是指担保人的赔付需基于被担保人的违约责任，债权人需证明债务人违约方可获得以实际损失为限的赔偿；无条件是指债权人在提出索赔时，担保人无需确认债务人是否违约，债务人只需按照保函上的索赔程序出示相关文件（表明债务人违约情况的书面索赔要求）即可，担保人在确认债务人提出的索赔时间与金额在保函的有效期和担保金额范围内后，需无条件地付款。厘清两种保函的应用场景，对于工程参建各方而言至关重要。
工程担保中的有条件保函
有条件保函的特点是担保人对保函承担违约风险：一旦债务人违约，则直接与担保人构成利益团体。担保人出于自身利益考虑，会在担保过程中充分调动所有力量，对履约全周期进行动态监控；一旦出现偏离基础合同条款的状况，担保人会督促债务人规范履约行为，以最大化降低违约风险。
就担保内容而言，有条件保函是我国投标担保、履约担保以及质量担保的主要形式。就担保主体而言，建设工程担保公司和保险公司更多采用有条件担保模式：建设工程担保公司作为专业的担保公司，风险管控是其立业之本；保险公司虽是金融机构，但得以在建筑工程质量风险管理机构（TIS机构）的帮助下，完成风险管控与查勘定损工作。
这一模式在美国发展得较为成熟：在美国，保险公司和建设工程担保公司承担了90%以上的建设工程担保业务，相对应的，美国也普遍实行高保额有条件担保（其履约担保和付款担保的保额均为100%）。该模式促使担保人督促债权人严格履约，对于建筑市场的健康发展起到了重要作用：据统计，美国建筑平均寿命达74年，在世界范围内树立起了良好的质量标杆。
工程担保中的无条件保函
无条件保函属于独立保函：根据《最高人民法院关于审理独立保函纠纷案件若干问题的规定》第三条第一款，保函载明见索即付时，独立保函即成立。因此无条件保函独立于基础合同，一经开立便具有独立效力，其效力是无条件的、不可撤销的和见索即付的。
无条件保函的特点是担保人对保函承担承保风险。因此一般而言，鉴于保函的“见索即付”形式，担保人为规避自身风险，往往会采取较为严格的反担保措施。工程担保中常见的反担保措施主要有信用担保、抵押（质押）担保、保证金担保三种，在无条件保函中主要体现为现金质押。
就担保内容而言，“见索即付”机制主要应用于解决工程款拖欠、农民工工资拖欠问题，因此多见于工程款支付担保以及农民工工资支付担保中。就担保主体而言，银行业的运作特性决定了其更多采用无条件担保模式：由于银行普遍缺乏工程风险管理经验，为避免因卷入工程合同纠纷而使自身利益和利益受损，是以广泛采用无条件保函形式。
我国目前采用最多的是低保额无条件担保模式。即由债权人掌握债务人一定比例的资金，而保函的真正作用在于时刻提醒承包商按照合同规定履约。
有条件担保VS无条件担保
从受益对象来看，有条件保函倾向于担保债权人的利益，如在投标担保中保护招标人利益、在履约担保和质量担保中保护业主的利益。无条件保函倾向于担保债务人的利益，如在农民工工资支付担保中保护农民工利益、在工程款支付担保中保护施工企业利益。
从担保效果来看，有条件保函的担保人需为债务人的发展提供必要的支持，以帮助其提高履约能力；在债务人未完全履约时，担保人也会向债务人提供资金或技术等方面的支持帮助其继续完成合同义务。见索即付的特殊性避免了债务人提出各种原因来对抗索赔请求，可以确保债权人权益不至因合同纠纷而受到损害；但担保人只负责在担保额度范围对债权人进行经济赔偿，并不能保证债务人继续履约。
另外从公平性角度而言，有条件保函模式由于有利益关系牵制，相对而言更为公平；无条件保函模式下业主方可以提出不公平索赔要求，对承包商可能造成不利。
体现在保单中，两者主要表现为这一差异：无条件保函仅在保单中约定赔付时限，而不要求索赔依据；有条件保函则在保单中载明索赔需提供的证明材料，并约定材料审核时限以及赔偿金支付时限。
当前，在我国信用体系建设落后、工程建设领域信用评价机制尚不成熟的大环境下，低保额无条件保函是现实之选。而随着建筑市场接轨国际脚步的加快，以及工程担保主体实力的不断增强，我国将逐渐提高担保综合性，更为因势利导地开展工程担保工作。
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