几乎所有作物植物的种植者都会因为土壤传播的真菌或线虫引起的根部疾病的发生和严重程度而遭受植物或生产力的损失，这导致了微生物毁灭性的土壤熏蒸剂。或浸水杀菌剂的应用，其中许多对菌根真菌有很大的抑制作用，许多已发表的例子表明，接种菌根真菌可以通过目前仍在探索的机制来抑制根病。
我自己的研究表明，当菌根形成时，对病原体的潜在拮抗物的数量会增加，拮抗细菌对根周围土壤的选择压力明显大于根周围非菌根际土壤，其净结果是。由于土壤对病原菌的拮抗作用增强，菌根植物的根部病害比无菌根的植物少。当菌根形成时，共生真菌在根内定居，然后生长到土壤中，在土壤中产生巨大的真菌生物量。
真菌链探索大量的土壤养分和水，以支持自己和他们的寄主植物伙伴，这些菌丝会产生一种粘性物质，将小的土壤颗粒或团聚体粘合成更大的宏观团聚体。从而大大改善土壤中的通气状况，并增强水或养分进入土壤剖面的潜力。因此，土壤耕作得到了改善。许多研究表明，菌根真菌通过土壤渗透的真菌链可以极大地扩大根系的吸收能力，从而使土壤中的磷，铜或锌等土壤结合养分更加丰富。
如果没有菌根真菌的帮助，植物将无法获得这些必需的营养物质，因此，在磷有限的情况下，丛枝菌根真菌可以探索大量土壤，获取磷，并通过菌丝林将其输送到根中。当水分因干旱而受到限制时，菌根的植物比没有菌根的植物更公平。这种作用的机制至少有两倍，提高真菌对土壤中水分的吸收能力，改变植物生理，从而提高植物的耐旱性。
盐分可能是土壤中植物生长的限制因素，这是灌溉和施肥积累的结果，当盐浓度超过4%时，大多数植物都会受到影响，表现出生长下降。产量和品质下降。许多研究表明，菌根植物对土壤盐分的耐受性优于无菌根植物。
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