商业秘密民事纠纷或刑事案件中，通常会遇到商业秘密鉴定与评估问题，而鉴定报告或评估报告很大程度上决定了案件的最终走向。
一、商业秘密鉴定机构的选择
人民法院同意当事人的鉴定申请的，通常应由当事人协商确定有鉴定资质的机构和人员，协商不成的，由人民法院指定，并通知当事人在合理的期限内对鉴定机构、鉴定人员的资格或者是否申请回避等事项提出意见。
目前，由于全国司法鉴定体制改革，司法部只负责“四大类”鉴定。知识产权司法鉴定属于“四大类”之外的鉴定，应该回归行业管理。到目前为止，除了广东省、山东省仍然保留了由司法行政管理部门登记管理之外，其他省、市、自治区的知识产权鉴定，司法行政管理部门都不再登记管理。同样，知识产权司法鉴定人执业证，也同时取消。
目前，全国知识产权司法鉴定，可以说处于“裸奔”状态。一是司法行政管理部门不再登记管理；二是知识产权鉴定本身缺少行业协会。目前已经成立的中国知识产权研究会知识产权鉴定专业委员会，其法律地位还有待于明确。
在遇到此类鉴定时，建议权利人通过人民法院诉讼资产网（31家）与中国知识产权研究会（16家）查询机构名单
二、商业秘密鉴定内容
一般是针对涉案的信息进行鉴定，包括非公知性鉴定和同一性鉴定两个部分。当事人应当明确鉴定的对象及其范围，主要包含权利人所称被侵权商业秘密是否不为公众所知悉，被侵权人使用的信息与权利人商业秘密是否相同或实质性相同等。
需要注意的是，人民法院只能就专业技术事实和专业经营事实提出鉴定委托，权利人的技术信息、经营信息是否构成商业秘密，被诉侵权人是否侵权等是法律问题，不属于委托鉴定的范围，应由人民法院根据相应证据作出判定。
三、商标秘密鉴定材料的提交、选定、移送和固定
商业秘密的鉴定材料是鉴定活动赖以开展的物质基础，其提交、选定、移送和固定至关重要，如果鉴定材料不提交、不完整、不真实、不充分，或者在移送中损毁、灭失抑或被调换，鉴定结论可能不被认定。
诉讼中法院委托鉴定的，应当按照证据的实质审查原则组织双方当事人对鉴定材料的关联性、真实性及合法性进行审查，并对当事人双方的意见制作笔录以确认鉴定材料真实、完整。
鉴定机构接受人民法院的委托，对诉讼中有争议的技术问题进行鉴定时，应以双方当事人经过庭审质证的真实、合法、有效的证据材料作为鉴定依据。依据未经双方当事人质证或者核对的证据材料所作出的鉴定结论，不是合法有效的证据，不能作为认定案件事实的依据。
对于鉴定材料的移送和固定，可以建议法院在鉴定材料质证合格后当面封存，并让双方当事人在笔录上签名或盖章，以及在鉴定材料封口处签名。
四、对鉴定报告的质证和采信问题
鉴定报告要经过当事人质证才能作为定案依据。对鉴定报告的质证和采信，关键是鉴定人出庭问题。根据新的民诉法规定，法院根据案件事实查明需要，也可以通知鉴定机构派员出庭接受质询，鉴定人也应当出庭接受当事人质询。无论是原告或被告委托的律师，根据案件需要，可申请具有专门知识的人出庭协助质证。
五、商业秘密评估
商业秘密价值评估属于专业鉴定的一种，应当委托具有资质的鉴定人进行评估，而且要求鉴定机构和人员必须取得评估需要的资格。 商业秘密评估通常为刑事案件立案或追责的必要证据之一。商业秘密评估的内容通常涉及两项：一项是被侵害商业秘密的价值评估，另一项是被侵害商业秘密由于侵权而导致的价值损失评估，也就是权利人的损失。
商业秘密的评估方法主要包括：收益现值法、重置成本法、现行市价法和清算价格法，评估机构和评估人员应当根据商业秘密资产的有关情况进行恰当选择。
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