费尔干纳盆地位于葱岭以西，大部分领土被浩罕汗国占领。乾隆二十四年（1759年），清军平定南疆大小和卓木叛乱时，越过葱岭进入这一地区。浩罕汗国请求内附，成为清朝藩属国之一，然而此后浩罕不断利用大小和卓渗透清朝领土。
第一，张格尔叛乱。嘉庆二十五年（1820年），大和卓木之孙张格尔率数百人入侵南疆地区被击败后，率残部逃到浩罕境内。道光六年（1826年），张格尔和浩罕侵略军再侵南疆之后，占领喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗等四城，自称苏丹。道光七年（1827年），清军败张格尔收复南疆。
第二，玉素甫叛乱。浩罕在道光十年（1830年）又以张格尔之兄玉素甫为和卓木入侵南疆地区，并大肆掠劫了喀什噶尔、英吉沙尔等城。道光十一年（1831年），清军远征南疆驱逐浩罕侵略军。然而巨额军费令清廷的财政状况窘迫，因此对浩罕实行退让，允许浩罕向南疆六城地区派遣“长老”，行使领事特权，对所有来南疆的浩罕人行使警察权和行政权及征税，浩罕只是答应将监视和卓木家族的成员，防止他们再度袭扰南疆地区。
第三，阿古柏入侵。19世纪60年代浩罕军队趁机再次入侵，吞并了几乎整个新疆地区，左宗棠收复新疆后，浩罕政权受到沉重打击，不久被沙俄吞并。
除了准部故地外，回疆以西同样并不能让人放心。
巴达克山无视清廷调解劫掠博洛尔；费尔干纳的浩罕汗国本来就在大小和卓问题上和清朝矛盾重重，此后额尔德尼伯克又直接称汗，宣称喀什噶尔岭以外均归浩罕，气的弘历大骂“如此张狂，肆意胡言”；然而对于阿富汗杜兰尼王朝吞并巴达克山也只好默认。
杜兰尼王朝来“朝贡”的使者却拒不叩头，还送来了恫吓清朝的国书，朝廷也只好把人送走后将阿富汗列为藩属国以娱己。从帕米尔高原到河中三汗国，清廷意识到己方的实际力量已无法干涉帕米尔以西，且当地地方政权也对自己缺乏信任，也因此清廷对中亚冲突与部落越境等问题都采取了谨慎保守的策略。
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