严格意义上来说多尔衮是没有亲生儿子，他只有一个亲生女儿，名叫爱新觉罗·东莪。
清史中关于爱新觉罗·东莪的唯一记载，就是多尔衮死后，她被交由信郡王多尼看管，此后清史再也没有东莪的踪迹。
当然据现在有关学者的研究，东莪很有可能被嫁给了蒙古的土谢图亲王巴雅斯护朗。据记载了呼和浩特市恪靖公主府的《公主府志》所载，当时这里曾经有一位据说是多尔衮的曾外孙女居住过，那么显然东莪就是曾经恪靖公主府的主人。
众所周知清朝向来就有将皇室公主嫁于蒙古的传统，据统计终清一朝，共有约500余位公主嫁于蒙古，所以东莪下嫁于蒙古并不稀奇。
当然以上仅是猜测，目前并无定论，所以东莪的结局到底如何，尚不得而知。
当然在历史中，多尔衮虽然只有东莪这个独女，但是却有一个养子，那就是原多尔衮弟弟多铎的第五子爱新觉罗·多尔博。
1650年十二月，多尔衮去世。此时的多尔衮并未遭到顺治的清算，于是为了不让多尔衮绝嗣，顺治就让将爱新觉罗·多尔博过继给多尔衮，然后继承多尔衮的睿亲王爵位。
不过好景不长，1651年二月，在仅过了不到2个月的时间，已站稳脚跟的顺治帝开始对多尔衮动手了。顺治先是以谋篡大位、独断专行等罪名废掉了多尔衮的爵位，及黜去多尔衮宗室资格，然后又让多尔博归宗于多铎，自此多尔衮不但丢了地位，也同时绝了嗣。
之后归了宗的多尔博在1657年被封为多罗贝勒，1672年卒于府中，享年30岁。
当然后来多尔博的子嗣还是被继为多尔衮的后裔。1778年正月，乾隆为多尔衮平反，多尔衮的睿亲王爵位被恢复，而多尔博也再次被过继给多尔衮为子，他的后人爱新觉罗·淳颖也以多尔衮后裔的身份继承睿亲王爵。
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