第一章：Kane
美国大兵Kane（凯恩），已婚，妻子叫Lena（莉娜）。Lena是大学生物教授，细胞研究方面的专家。Lena也是一名战士，两人在参军的时候认识并相爱。
外星颗粒坠落在美国海岸边的一座灯塔内，形成Shimmer，并且范围不断扩大。政府成立组织Southern Reach（后简称SR）将附近的居民迁移走，并开始派遣一波又一波的队伍进入Shimmer研究。同时，Kane因为长期外出执行军事任务，妻子寂寞难耐，出轨大学的同事“黑人叔叔”。这件事情没有瞒得住Kane，但是嘴上Kane并没有什么，只是默默地忍受，装作什么都没有发生。但是不由自主地对Lena越来越疏远。两人的关系出现裂痕。Lena也知道Kane其实知道了这件事情，心中非常悔恨。终于，SR在一波又一波的派遣队之后，找到了Kane，并安排他跟其他大兵一起进入Shimmer进行第11次探索。Kane答应了任务——因为对妻子的背叛深深地伤害，所以心灰意冷，并不在意Shimmer中的危险，打算“自我毁灭”。
以前每次执行任务，Kane都会告诉Lena是去哪里，做什么任务，但这一次，Kane什么都没有说就离开了。
Kane跟战友们进入了Shimmer，发生了一系列的事情，其中有个战友发现自己的肠子在肚子里蠕动，Kane用军刀切开了他的肚皮，发现真的肠子会动。这一幕也用摄像机记录了下来，并将内存卡放在一个袋子里，等待后来的人发现。这个战友后来自己爆炸了，血肉铺满了一整个墙壁。其他战友也都死掉了，没有走出Shimmer。Kane历经艰险，终于来到了中心——灯塔。用摄像机拍下了奇异的画面。更诡异的是，在这座灯塔里，Kane被克隆了另一个自己出来，他整个人崩溃了。加上身体发生着奇怪的变化，痛苦不堪忍受。在身体和精神的双重折磨之下，他用磷弹自杀了。自杀的一幕，还有克隆出来的Kane02（版本2）都被摄像机拍下来了。Kane02合上摄像机，然后走出了Shimmer，跟随自己的感觉，回了家……
第二章：Lena
Kane离开去了SR的探索之后，Lena还是会不定期地跟黑叔约会，但是随着时间的推移，丈夫一直没有回来。可能是死了，也可能是因为发现她的出轨不再回来。Lena变得越来越焦躁，到处打听自己丈夫的消息。同时，因为不断产生的愧疚感，打算跟黑叔断绝来往，弥补过错。黑叔找她参加聚会，她也不拒绝了。说要“重新粉刷房间”——“重新粉刷房间”意味着她逃避自己的出轨事实（自欺欺人），让房间焕然一新，也许就不会回忆起这个事。刷房间的过程中，丈夫（Kane02）回来了！——一脸懵逼，说不清自己“到底经历了什么”。丈夫（Kane02）突然吐血抽搐，Lena赶紧叫了救护车。送医过程中，被军方强制劫持。
第三章：神秘组织SR
醒来后来到了神秘组织SR，心理专家告诉了Lena关于Shimmer的事情，她丈夫（Kane02）的状况是因为进入Shimmer之后出来所以才这样，目前正在救治，不确定能不能救好。Lena也在SR认识到了几个计划第12次进入Shimmer的女性，分别有医学专家、物理专家、地貌专家，还有那个心理专家。Lena为了救治自己的丈夫，弥补自己对他的亏欠，决定一同前往。
第四章：十二次探索
5个人一起进入了Shimmer，发生了各种奇怪的事情，所有的科学知识好像都在这里不受用，匪夷所思。信号发不出去、奇怪的植物和动物、……不一一列举了。他们推测，这是因为Shimmer将【所有东西】折射了，所以才出现了这么多紊乱的现象和东西。
在一个基地里，找到了之前Kane和战友带过的基地，还有那个内存卡，看到了被“切腹”的战友。晚上，Lena查看自己的细胞，发现折射的推断是对的。地貌专家被熊袭击，拖走，它的一部分意识——最后死亡的恐惧，渗入了这只熊的大脑，可以发出“救我”的声音，这变成了它诱捕人类的技能！
第二天，Lena发现地貌专家的尸体。大家都身体发生的不同程度的奇异变化。Lena的左手上开始出现“咬尾蛇”纹身（后面会解释其寓意）。
有一个晚上，医学专家绑架了全部人，发现了Kane原来是Lena的丈夫，认定Lena是“死骗子”，地貌专家也是Lena害死的，因为她没有看到熊，也没有看到尸体。就在这时，外边响起了地貌专家的呼喊声“救我！”医学专家心想“咦？没死！”，然后冲了出去打算救人，结果被熊袭击了，死了。心理专家想赶紧治好自己的癌症，提前出发去登塔。物理专家一直对生命不留恋，几度想自杀。现在身体也出现异样，决定顺从自然地死去。最后，只剩下了Lena……
第五章：灯塔
Lena独自走到了灯塔，看了之前Kane留下来的视频内容，发现原来Kane已经死了，而之前看到的是克隆出来的Kane02。在被外星颗粒撞击产生的黑洞中，发现了心理专家，因为身体变异，她的眼睛已经消失了。也有说法是这是克隆后的她，眼睛还没有生成。我更相信是前者，因为如果刚克隆出来，原来的那个人应该还在，而克隆出来的人应该还是“一脸懵”的状态。所以这个眼睛消失的应该还是心理专家本人。她说，有个东西进入了她的身体，很快它就要湮灭了。
【暂停】
此处，很多人有疑问，这个东西是什么？它想干嘛？这个东西是一种生命，可能本身是外星来的生命，也可能是外星的元素跟地球的元素相结合产生的新的生命！但不论是哪一种，这个生命只是自由地“生长”！它并没有带着什么目的，毁灭人类也好，占领地球也罢，都不是，它并不“想要什么”，我只是“生长”！可能最后它可以占领地球，但这不是它自己“想要”，而是自然生长的结果！就像我们现在地球上的生命一样。
【继续】
随着一声“变~身~”，哦，不是，“湮~灭~”！心理医生化作了一团东西，这团东西吸收了Lena的血液，运用她的DNA克隆出了另一个Lena（后称Lena02）！Lena02刚刚出生，智力低下，跟着Lena蹒跚学步……Lena接近要崩溃了，她要杀掉这个自己。于是拿起了Kane没用完的磷弹，给了Lena02，心想“乖~这个玩具很好玩的！”Lena02接过磷弹，“卧槽！起火了！”出于本能，想回到娘胎里去，结果把娘胎也一起烧掉了……Lena逃出Shimmer，回了SR的基地。
第六章：尾声
基地的人询问逃回来的Lena，队伍在Shimmer中发生了什么，队友哪去了。Lena说了以上的故事。当问到“它”目的何在时，再一次强调了它“没有动机”！Lena见到了Kane02，他的身体已经无碍。Lena问Kane02，“你不是Kane，对不对？”Kane02说，“对，我不是！”补充章：真相，导演巧妙地设计了这个结局！赞！
到底回来的是Lena，还是Lena02呢？是Lena02！——根据最后她的“焕然大悟”和“抱抱”可以知道。更直接的镜头暗示：1.水杯和喝水，2.瞳孔最后两人的瞳孔，一模一样）为什么是Lena02呢？大家换位思考 一下，如果你是被克隆的那个Lena02，你的记忆跟身体，和原来的Lena一模一样。通过你的记忆，你跟Lena同样都觉得——我就是Lena！所以，灯塔里，不论是lena还是lena02，本质上没有任何区别，它们都是Lena！
上文说到Lena02“出于本能，想回到娘胎里去，结果把娘胎也一起烧掉了……”，其实是故意忽悠过去，真相是什么呢？“娘胎”被烧，过程可能并不是像Lena02说的那么简单！你看到的过程，都是Lena02回来之后说的，所以——你看到不一定是真的！你看到不一定是真的！你看到不一定是真的！要么是Lena02出于求生欲望将Lena烧死（她并不知道自己是克隆的，她只是想将这个跟自己一样的人干掉）；更大的可能是，Lena的“自我毁灭”！！！
Lena自己崩溃了（就像Kane那样），然后用磷弹引燃了自己，同时，Lena也希望毁掉“娘胎”，所以将火引到娘胎里。从而完成自己的“自我毁灭”！因为她遭受着身体和精神的折磨，而且她来的目的是赎罪，但却发现丈夫Kane已经因她而死（她的出轨导致丈夫绝望，kane才走近了Shimmer，并死在这里）。没有活下去的欲望，她最后还唯一想做的事情，就是将Shimmer毁掉！
结局：Shimmer毁掉了，但是Lena02逃出来了！
“自我毁灭”可谓是贯穿全篇，里面所有的角色，因为自己的各种人生遭遇，都想“自我毁灭”！这就是“湮灭”的内在含义。表面上，所有进入Shimmer的人都被Shimmer害死，但其实，真正杀死这些人的，是他们自己！
片中出现的“咬尾蛇”纹身，形状像不像分裂的细胞，同时也是“正无穷”的数学符号，正是象征着生生不息的生命！所有的生命都是欣欣向荣地在生长，而唯独人类，更喜欢自我毁灭！真是一种“讽刺”！
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