北京地铁现有换乘站62个，其中有3个三线换乘站，其余均为双线换乘站。西直门站的通道北京地铁早期线路之间的换乘问题是较为被人诟病的地方。相比于广州地铁、港铁及台北捷运从站台一侧到另一侧即可转车的跨站台换乘模式，北京地铁乘客的换乘里程较为遥远，早期线路之间换乘距离平均有128米。
1号线与2号线换乘的复兴门和建国门两站，从1号线转2号线需步行很长的换乘通道。2号线转13号线的两站是换乘最为不便的，一度要步行15分钟。在西直门站，乘客甚至曾经需要出站才可以换乘。不过在2008年6月9日，西直门站200米长的换乘长廊启用后，已不再需要出站换乘；2011年又在2、4号线地下部分修建了一条从13号线通往2号线、4号线的换乘通道，长约170米，换乘距离较原来大为缩短。一些其他换乘距离较长或换乘条件较差的车站如东直门站等也计划进行改造。
2007年起，北京地铁开通线路中，换乘问题得到重视，较以往大为改善，东单和崇文门两站换乘通道内增设了自动步道，其他车站设置了换乘楼、扶梯，改善了换乘条件。由于北京地铁线路多为十字交叉，许多换乘站不适合修建最为便捷的同站台换乘（即跨站台转车）。然而在新线路设计中，出现了若干同站台换乘形式，例如已开通的9号线和房山线的郭公庄站（同层同站台换乘）、4号线和9号线的国家图书馆站（同层同站台换乘）、8号线与昌平线的朱辛庄站（同层同站台换乘）、6号线与8号线的南锣鼓巷站（叠落式同向同站台换乘），以及7号线和9号线的北京西站（同层同站台换乘）等。无法建设同站台换乘的车站，也将尽量改善换乘条件，力争所有新线路之间的换乘站，换乘距离都将不超过100米。
现在北京地铁换乘条件较好的车站有9号线与10号线的六里桥站、5号线与10号线的惠新西街南口站、9号线与14号线的七里庄站、10号线与14号线的西局站等。目前新线路之间换乘距离平均为63米，与老线相比缩短了一半。
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