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欧洲疫情卷土重来,新冠病毒糖基化研究不可忽视

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新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的大流行已迅速成为全球的社会经济危机。截止目前,SAR-CoV-2 病毒在全球已感染了超 3,000 万人,并导致近 100 万人死亡。

病毒表面的刺突蛋白(S 蛋白)与宿主细胞表面的血管紧张素转化酶 2(ACE-2)结合,以启动感染。S 蛋白由两个功能亚基(S1 和 S2)组成。S1 包含受体结合结构域(RBD),让病毒初步附着到宿主细胞表面,而 S2 负责膜的融合,使得病毒进入宿主细胞。

S 蛋白不可忽视的糖基化修饰

每个 S 蛋白有 22 个 N-连接糖基化位点和至少 2 个 O-连接糖基化位点,被来源于宿主的多糖广泛糖基化 [1-3]。当后代病毒颗粒形成时,病毒通过挟持宿主细胞内质网-高尔基体中间室的糖基化机制来实现糖基化。因此, S 蛋白虽然有其独特的糖基化位点,但也带有宿主细胞的糖基化模式特征。

SARS-CoV-2 S 糖蛋白结构示意图,含 22 个 N-糖基化位点[2]。

S 蛋白的糖基化有助于增加蛋白的稳定性和溶解度。更重要的是,糖基化可以掩饰蛋白的免疫原性表位,从而使病毒逃避宿主免疫反应的能力得以增强。 S 蛋白不仅是疫苗开发的主要靶点,也是血清学检测的重要成分。

为了促进 SARS-CoV-2 诊断和治疗的研究,R&D Systems 的研究团队已在几种常用的宿主细胞系(HEK293 细胞、CHO 细胞和 Sf21 细胞)中表达 S 蛋白的 RBD。 不同的宿主细胞具有独特的糖基化能力,因此它们表达的 RBD 蛋白有望表现出不同的糖基化特征。我们利用之前开发的聚糖直接荧光标记(DFGL)工具来分析糖基化 [3],为不同目的下选择最相关的 RBD 重组蛋白提供了快速指引。

不同表达体系,RBD 糖基化特征大不同

1.O-连接糖基化

为了研究刺突 RBD 蛋白的各种聚糖结构,我们首先利用 O-聚糖特异性的唾液酸转移酶 ST3 Gal1,通过 ST3 Gal1 加入 Cy5 荧光标记的唾液酸,使得 O-聚糖可通过荧光成像仪轻松检测。

分别检测经过产气荚膜梭菌神经氨酸酶(Neu)或内切糖苷酶(EF)预处理及未经过预处理的 O-聚糖:神经氨酸酶去除糖蛋白上现有的末端唾液酸残基,并打开 O-聚糖上的位点,以便 ST3 Gal1 加入 Cy5 标记的唾液酸(Fig 1C 下)。内切糖苷酶 EF 是一种 O-糖苷酶,能够有效去除 O-聚糖简单的 Core-1 结构,但复杂的 Core-2 和 Core-3 结构不受影响(图 1C 上)。

Fig 1. 利用 CMP-Cy5-唾液酸和 ST3 Gal1 检测 CHO、HEK293、Sf21 和 Tn5 细胞所表达的 SARS-CoV-2 刺突 RBD 蛋白上的 O-聚糖。通过 SDS-PAGE 分离样本,并利用 TCE 染色成像(A)和荧光成像(B)。图中显示了描述酶促反应和荧光标记的模型(C)。

首先,我们利用 ST3 Gal1 标记未唾液酸化的 O-聚糖,并检测所有四种 RBD 蛋白的荧光(Fig 1,一泳道)。神经氨酸酶的预处理显著增加了来源于 HEK293 的刺突 RBD 蛋白的标记,而来源于 CHO 和昆虫的刺突 RBD 蛋白却没有观察到变化或变化很小(Fig 1,Neu 泳道)。对来源于 HEK293 的刺突 RBD 进行光密度分析,表明荧光强度增加了 71%,这说明 来源于 HEK293 细胞的蛋白中 71% 的 O-聚糖被唾液酸化。

此外,神经氨酸酶和内切糖苷酶 EF 预处理显示四种刺突 RBD 蛋白的 O-聚糖模式存在差异。主要差异在于 HEK293 刺突 RBD 上的 O-聚糖耐受 EF 处理, 表明 HEK293 所表达蛋白包含其它类型的 O-聚糖(Fig 1,HEK293,EF 泳道)。CHO、Sf21 和 Tn5 所表达蛋白上的标记被 EF 完全去除(黄色箭头所示), 表明这些细胞表达的 RBD 蛋白仅含有简单的 Core-1 O-聚糖。

2.N-连接糖基化

随后,我们使用 N-聚糖特异性的唾液酸转移酶 ST6 Gal1 检测了这些蛋白上的复合型 N-聚糖,同时使用 FUT8 检测了带有 GDP-AF555-岩藻糖的高甘露糖型 N-聚糖(Fig 2B)。我们将 MGAT1 加入标记反应中,以便将高甘露糖型 N-聚糖 Man5 转化成 FUT8 的底物。

结果表明, 哺乳动物细胞 CHO 和 HEK293 所表达的蛋白大部分被 Cy5-唾液酸标记,表明它们 主要含有复合型 N-聚糖(红色)。 昆虫细胞 Sf21 和 Tn5 所表达的蛋白仅被 AF555-岩藻糖标记,表明它们 仅含有高甘露糖型 N-聚糖(绿色)。

所有样本均对肽 N-糖苷酶 F(PF)处理敏感,证实了标记是 N-聚糖特异性的。有意思的是,通过光密度分析,我们发现 只有 HEK293 表达的刺突 RBD 蛋白上的 N-聚糖被显著唾液酸化(33.5%),这与 O-聚糖的观察结果一致(Fig 2A)。

Fig 2. 利用 CMP-Cy5-唾液酸/ST6 Gal1(红色)和 GDP-AF555-岩藻糖/FUT8(绿色)分别检测 CHO、HEK293、Sf21 和 Tn5 所表达的 SARS-CoV-2 S1 RBD 上的复合型和高甘露糖型 N-聚糖。在采用产气荚膜梭菌神经氨酸酶(Neu)或肽 N-糖苷酶 F(PF)预处理之前或之后,对各种刺突 RBD 蛋白进行直接标记。通过 SDS-PAGE 分离样本,并利用 TCE 染色成像(A)和荧光成像(B)。图中显示了描述酶促反应和荧光标记的模型(C)。

通过 DFGL 检测,我们显示了四种不同细胞系所表达的 SARS-CoV-2 刺突 RBD 蛋白在糖基化上的主要差异。 这些 RBD 蛋白表达的 N-聚糖和 O-聚糖类型存在明显差异(Fig 3):

01

所有蛋白都含有 O-聚糖,但只有 HEK293 细胞表达的蛋白含有 Core-1 以外的 O-聚糖,只有 HEK293 表达的蛋白存在显著水平的唾液酸化;

02

复合型 N-聚糖仅出现在 CHO 和 HEK293 表达的蛋白中。Sf21 和 Tn5 细胞表达的蛋白存在显著水平的高甘露糖型 N-聚糖,而 HEK293 和 CHO 细胞表达蛋白仅存在较低水平的高甘露糖型 N-聚糖。

Fig 3. 四种不同宿主细胞所表达的 RBD 蛋白上的聚糖概况。CHO 表达的刺突 RBD 蛋白含有复合型 N-聚糖和 Core-1 O-聚糖。HEK293 表达的刺突 RBD 蛋白含有复合型 N-聚糖和 Core-2 O-聚糖,两者均包含末端唾液酸。Sf21 和 Tn5 表达的刺突 RBD 蛋白含有高甘露糖型 N-聚糖和简单的 Core-1 O-聚糖。

SARS-CoV-2 刺突蛋白 RBD 的糖基化研究相关工具:

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参考文献:

1. Shajahan A, et al. 2020. Deducing the N- and O- glycosylation profile of the spike protein of novel coronavirus SARS-CoV-2. Glycobiology.

2. Watanabe Y, et al. 2020. Site-specific glycan analysis of the SARS-CoV-2 spike. Science.

3. Wu ZL, et al. 2019. Direct flu- orescent glycan labeling with recombinant sialyltransferases. Glycobiology, 29: 750-754.

图文来源:Bio-Techne

题图来源:站酷海洛

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