明朝后期，蒙古分为三大部，以瀚海(戈壁大沙漠)为界，其南部为漠南蒙古，即内蒙古；北部为漠北蒙古，也称喀尔喀蒙古，即外蒙古；西部为漠西额鲁特蒙古，驻牧于蒙古草原以西直至新疆准噶尔盆地。
这时，由于满族的崛起，蒙古就成为明朝与后金的主要争夺对象。西藏喇嘛教的格鲁派(黄教)势力也于这时扩展至蒙古。
蒙古封建主对西藏喇嘛教向来极为推崇，在元代，有不少西藏喇嘛教首领被封为国师、法王等，有很高的政治地位。明代，蒙古封建主仍然信奉喇嘛教，在明穆宗隆庆以前，主要信奉的是喇嘛教中的萨迦教派(即花教),但当时蒙古族的广大牧民却信奉萨满教。
万历六年(1578年)俺答汗(阿勒坦汗)邀请黄教(格鲁派)领袖人物锁南坚错到青海地区传教。当时俺答汗亲自主持有几万人参加的察卜齐勒庙大会，并尊称锁南坚错为“达赖喇嘛”(即达赖三世)。在俺答汗的大力倡导下，黄教便在蒙古各部盛行起来，并且普及到蒙古族广大牧民中间。
察卜齐勒庙大会，影响非常深远，它标志着蒙古僧俗封建主联合统治制度的确立。
从此以后，蒙古三部都纷纷派人邀请达赖喇嘛去传法讲经，并且都希望获得他赠赐的封号，形成了谁能控制黄教谁就能在蒙古地区扩展势力的局面。万历十一年(1583年),俺答汗死后，蒙古土默特部的封建主再次邀请达赖三世来土默特传法讲经，并参加俺答汗的葬礼。万历十四年，达赖三世锁南坚错到达土默特，翌年参加了俺答汗的葬礼后，又接受明朝政府的邀请前往北京。
万历十六年三月，他在赴京途中，在吉尔玛台(又称卡欧吐密)地方圆寂。锁南坚错去世后，根据他的遗愿，宣布俺答汗新生的族孙为转世“灵童”。这就是达赖四世云丹嘉措。在历世达赖中唯有云丹嘉措是蒙古族人，其他都是藏族人。
黄教最高法王竟然在俺答汗家族中“转世”,这充分说明蒙古世俗封建主和黄教僧侣封建主之间关系的密切，黄教更加普遍地在蒙古社会中传播。
云丹嘉措一直到万历三十年在西藏三大寺(哲蚌寺、色拉寺和甘丹寺)派来迎接的专使和蒙古军队护送下进入西藏。第二年到达拉萨。万历四十四年云丹嘉措圆寂于哲蚌寺。
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