科学发展的极限是什么？外星人是否会入侵地球？我们至今仍带着疑问，科学家也曾证明过，确实有外星人在不同的星球。
而这部《灭绝》主要讲述的是人类大战人造人的超级科幻片，男子大战外星人，殊不知，外星人才是人类。
做为一部科幻惊悚电影，没有3D的加持，没有120帧清晰画面做为依托，甚至连主角都是由万年配角担当出演，完全凭借着强大的科幻逻辑，以及精彩的后期剪辑作为支撑，为我们呈现出一部与往常科幻片不一样的故事。
男主角Peter（迈克尔·佩纳 饰）是一家大型企业的工程师，他有一个美丽大方的妻子，还有两个乖巧可爱的女儿，有车有房有存款，一家人的生活也是十分的幸福美满。
然而他近来一直被噩梦所困扰，只要闭上眼睛，就会有一些真实、血腥、暴力的镜头在他的脑海中出现。他的妻子、朋友和领导都认为他是因为工作压力过大，从而产生了精神问题，建议他去看心理医生。
因为梦境太过真实，Peter始终相信这是一种灾难的预兆，而并非自己患了精神病，所以一直抗拒就医。
拒绝医治的后果，是直接导致了他的病情恶化，他开始在天空中看到别人看不到的光点，在工作时出现幻觉，甚至看到某些特定的景物就会因为产生太过强烈的画面感而晕倒。
越来越严重的病情使得他不得不去就医，来到诊所时，医生与护士微笑的表情全部都透露着一种诡异。
而坐在他旁边的病友，和他有着几乎一模一样的病症，病友看起来已经精神失常，开始神神叨叨的对他说，有东西要来地球，而在这医院只会被消除记忆，这样便于控制，避免天下大乱，他小声说着：“我知道我们看到的都是真的，只是他们不想让我们知道，我不觉得我病了，可是我受不了现在的生活了”，说罢，他哭泣着随着护士进入了治疗室。
整件事情听起来背后似乎有一个很大的内幕，虽然不知真假，但宁可信其有，不可信其无，Peter当即立马决定回家，妻子Alice（丽兹·卡潘 饰）在得知他依旧拒绝治疗的态度后，表现出极度的失望。
几天后的一个晚上，朋友和同事来Peter家做客，就在这时，天空忽然下了看起来像流星雨的东西，伴随着光点从天而降，地球遭到了外星人的袭击，它们见人就杀，只要是活动的物体，无论男女老少，都会不留情面的统一消灭。
Peter和妻子小美相互配合打到一个外星人，赶紧抢了外星人武器，带着两个女儿乘坐升降梯艰难的逃走，一路上外星人都在野蛮的屠杀人类，而小美在逃离的过程中不幸腹部受了重伤。
通过武器上的定位追踪，外星人在下水道中追上了他们，外星人被击碎面罩，露出了一张和人类一样的脸，Peter用枪控制了它，让它抱着自己已经昏迷的妻子一起走向工厂，进入工厂之后，他们发现，自己的黑人领导及他手下的一众人似乎对于这个事件早有预料，武器、医疗、逃跑路线，全部准备充分。
当大家告诉他，小美的身体机能已经衰竭，让他放弃的时候，那个露出人脸的“怪物”突然说：“我有办法可以救她，我学了很多你们的东西，”别无选择的Peter相信了它的话，看着“怪物”治疗妻子。
割开妻子的身体，他惊讶的发现，小美身体里，竟然都是透明管和复杂的线路，他问到外星人，这是怎么回事，外星人不解的反问他：“难道你真的不知道自己是什么吗？”
原来，所谓入侵地球，要将他们灭绝的“怪物”，才是真正的人类。而它们，是在五十年前，为了反抗人类提出清除芯片的人工智能——也就是我们所说的机器人，它们将人类驱逐到了火星殖民地，而人类在经过几代人不停准备的过程后，卷土重来，想要夺回地球。
它们中的大部分人之所以不记得曾经发生过的事情，是因为在多年前的那场大战过后，它们选择了清除了自己的记忆，因为恐惧和愧疚让它们无法正常的生活，它们按照自己的意愿，组建了家庭，安排了爱人、亲人以及朋友，它们入住了抢夺而来的，人类的楼房，并且坚定的认为：自己就是人类。
只有少数机器人留存了记忆，准备着对抗随时会杀回地球的真正人类，还有少数人工智能，就如同主人公Peter这般，在清除记忆时出了纰漏，留下了残存的记忆碎片。
Peter不愿相信自己是个机器人，直到他切开自己的胸膛，感觉不到一点疼痛，最后又真真切切的看到自己身体内部全是机器，一时受不了打击的大柱昏了过去。
原来，它的那些噩梦，并非预兆，而是曾经发生过的真实事情。
它们以不老不死之姿，在占领来的地球上，已经生活了五十余年。
影片最后，残留的人工智能们坐上了一列火车，火车所经之处都会直接倒塌毁灭，消除它们远走逃亡的痕迹，它们将要去往一处地下基地，重新做好准备，与人类抢夺地球这片生活的家园。
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