治疗灰指甲的外用药仅限于针对灰指甲研制的专用药物，常用的是「5%阿莫罗芬甲搽剂」。
针对脚气的外用抗真菌药膏（比如达克宁、特比萘芬等）对灰指甲的疗效通常都不好，因为药膏比较难渗透到甲板里面去。
使用外用药治疗灰指甲比口服药治疗的主要优势是发生严重不良反应和药物相互作用的风险极低。
然而，外用药治疗的疗程通常比口服药更长，并且治愈率更低，特别是对于广泛性病变的灰指甲，治疗效果不好。
「5%阿莫罗芬甲搽剂」的用法是一周1次，持续6个月，治愈率50%左右，有证据表明阿莫罗芬联合口服抗真菌药可以提高治愈率。
使用时，先将病甲表面用一次性锉刀锉去并用酒精消毒后，再开始一周1次使用「阿莫罗芬」。手指甲感染一般治疗6个月，脚趾甲感染治疗9-12个月。
灰指甲也分很多类型，如果是下图这种白色浅表型的灰指甲，因为感染部位比较浅表，外用「5%阿莫罗芬甲搽剂」通常就足够治愈了。
较厚的、营养不良的指(趾)甲通常难修剪，且在活动时引起疼痛。去除角化过度的指(趾)甲残片有助于减轻上述症状。
可以使用如下夜间疗法：
● 在甲周皮肤上涂一层厚厚的医用凡士林保护层
● 在指(趾)甲上涂一厚层40%的尿素乳膏或软膏
● 用绷带或胶带封包指(趾)甲过夜
● 晨起用肥皂和清水洗净尿素乳膏
● 每晚重复上述步骤直到指(趾)甲变软易于剪掉或清除
对于指(趾)甲增厚不是非常严重的患者，不封包通常也足以减轻指(趾)甲的过度角化。
拔指甲通常仅用于单纯药物治疗无效的患者。通常在外科手术剥除指甲之后还需外用或口服抗真菌药治疗，如果不继续用药，容易复发。
最后再强调一下，所有治疗灰指甲的方法都有较高的失败率。而且，长期复发率为20%-50%。无论是治疗失败还是治疗成功后复发，都可以再尝试换药进行治疗。
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