食蜂操祈和御坂美琴的关系一直都不太好，别看她们喜欢同一个男人，其他方面可是一点都合不来。《科学超电磁炮》动画版，第3季，第14集，经过木原幻生的事，御坂美琴开始憧憬与食蜂操祈互相认可的未来，似乎她们的关系会逐渐好转。
说起这事，御坂美琴对食蜂操祈的看法变化还挺大的。一开始，御坂美琴不知道木原幻生要在大霸星祭搞事情，还以为食蜂操祈又在搞派系斗争，只想找食蜂操祈打架。
这也是食蜂操祈自己制造的误会，她不想让御坂美琴掺和进木原幻生的事里，只想自己解决木原幻生，等一切都处理完，再告诉御坂美琴真相。
为了不让御坂美琴参与，食蜂操祈篡改了白井黑子、初春饰利和佐天泪子的记忆，让她们失去关于御坂美琴的美好回忆，阻断御坂美琴的求助渠道。
食蜂操祈也篡改了常盘台中学老师的记忆，老师让食蜂派系看住御坂美琴，不让她到处乱跑。这确实在一段时间内限制了御坂美琴的行动，也让御坂美琴相信，食蜂操祈在利用能力做坏事。
后来御坂美琴才知道，食蜂操祈保护了御坂妹妹，独自对付老奸巨猾的木原幻生，为了战胜木原幻生，食蜂操祈付出了很多。
御坂美琴还无法赞同食蜂操祈的所有做法，也不喜欢她操纵人心的能力，但是，既然食蜂操祈也有自己坚持的正义，说不定有一天，她们可以互相理解。
木原幻生的事情解决之后，食蜂操祈要再篡改一次参与者的记忆，白井黑子、佐天泪子和初春饰利的记忆都要修正。
最后木原幻生的事情，变成一次针对学园都市的恐怖袭击，白井黑子身为风纪委员，参与抓捕恐怖分子，这件事与御坂美琴没有任何关系。
本来这件事是木原幻生利用外装代脑，让御坂美琴在一瞬间进化成绝对能力者，然后拉着整个学园都市一起陪葬。
虽然御坂美琴知道隐藏自己的部分，不是因为食蜂操祈为自己着想，但这样修改也确实给自己省了很多麻烦。不过，御坂美琴不知道，食蜂操祈是如何修改关于御坂美琴的部分的。
大霸星祭期间，学生都要参加比赛的，御坂美琴被迫进化成绝对能力者，折腾了一天都没参加比赛，如果直接剔除御坂美琴的部分，一定会出现矛盾。
食蜂操祈再次给白井黑子她们修改记忆，内容是御坂美琴在小摊子上乱吃东西，结果吃坏了肚子，在厕所里关了一天。食蜂派系的人去接御坂美琴，她还凶她们，就是死守着厕所不出去。
御坂美琴晚上跟朋友们汇合，听她们说起这件事，御坂美琴对食蜂操祈新生出的那一点点好感，瞬间烟消云散。御坂美琴在食蜂操祈新修改的这段记忆中，感受到了食蜂操祈对自己的强烈恶意。
御坂美琴是都市传说级的存在，非常有名，更是常盘台中学最强的超能力者，关于御坂美琴吃太多导致坏肚子，死赖在厕所里不去比赛的话题，瞬间散播开来。
还想着也许能与食蜂操祈互相认同的御坂美琴，只想宰了食蜂操祈。
由于某些不可抗力的原因，《科学超电磁炮》第三季动画的播放过程非常坎坷，从1月播到5月才终于播完了大霸星祭篇。不过，御坂美琴和食蜂操祈的故事还远远没有结束，最近越来越喜欢看炮姐和女王斗嘴了，希望新篇章播放顺利，御坂美琴和食蜂操祈的日常对手戏更多点。
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