首先有必要介绍一下什么是EM菌。
EM菌是一类复合微生物菌群，是由光合细菌、酵母菌、乳酸菌、放线菌等5科10属共计80余种有益菌复合培养而成的微生态制剂，是日本琉球大学比嘉照夫教授等多年潜心研究的成果，产品于20世纪80年代初投放市场。
EM菌在水产养殖中有广泛的应用。该产品能快速降解、吸收和转化水体中的氮、磷和有机污染物，形成优势种群后，还能有效抑制有害微生物和有害藻类的生长繁殖。EM菌经固氮、光合等一系列分解和合成作用，可使水体中的有机物质形成各种营养元素，供自身及饵料生物的生长和繁殖；同时，增加水体中的溶解氧含量，降低氨、硫化氢等有毒有害物质的含量，改善养殖水质。
EM菌的使用要注意以下几个方面：
1、温度
在使用EM菌之前，要确定池塘的水温是否适宜有益菌的生长繁殖。
在最适温度下，每升高10℃，微生物的生长繁殖速率就会加倍。在使用EM菌时，最低温度不得低于15℃，水温升到25-30℃时在使用效果最佳。
2、溶氧
EM菌中的放线菌等属于好氧菌，对氧气有一定需求。
天然池塘中的溶氧随天气变化呈现出明显的规律性，黎明前后溶氧最低，日出后开始升高，午后2-3点溶氧达到最高水平。因此，夏季晴天午后池塘水体一般会达到过饱和状态，这时候也是开增氧机的最佳时机。
在使用EM菌的时机，以晴天中午为宜。在多云天气可以开动增氧机主动增氧，为有益菌的生长提供良好的溶氧条件。
3、pH或酸碱度
pH为7-8时，细菌生长最旺盛。当池塘水体的pH过低时，可以通过使用生石灰来提高酸性水体的pH值。
4、营养素
微生物的生长必须要有一定的矿物元素存在。因此，投放EM菌时，水体不应该立即大量换水，要保持池塘内有充足的营养元素和氮源。
5、补投时间
有时EM菌投放量不足或者有益菌长势不好，这时候需要再次补充部分EM菌。两次投放的间隔时间不宜过长，7-10天为宜。
6、产品选择
现在的EM菌主要有四种剂型，不同的剂型主要含有的细菌类型也不同。例如，EM2以放线菌为主，而EM3以光合细菌为主。不同剂型适用于不同类型的水体，因此建议先检测池塘水质，根据水质指标（盐度、pH、硫化氢、亚硝酸盐、化学需氧量等）针对性地选用不同的EM菌产品。
注意事项一：
EM菌里面大部分菌都是好氧菌，也就是它们的繁殖需要氧气，因此尽可能在晴天上午使用。同时开增氧机，保证水体流动，营养均衡，以利于菌的生长，同时降低水体缺氧的风险。
注意事项二：
EM菌本身也是菌，在使用的前后三至五天，不要使用漂白粉，消毒剂，生石灰之类的药品，以免培菌失败。
注意事项二：
如果水质恶化严重，在用菌的三五天之前，应该先消毒，杀灭有害菌。再改底解毒，改善水质，以利于EM菌的繁殖，否则也可能导致培菌效果不明显。有好水源的，可以排入部分外源活水。
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