不仅光武帝高度重视太学，在他身后，汉明帝、汉章帝也都非常重视太学的发展。东汉太学因而达到了中国古代教育史上空前的顶峰。
不论是汉明帝还是汉章帝，以及东汉其他帝王，都曾多次亲临太学。皇帝的到来不一定就能立即解决什么问题，但至少表明皇帝对文教的重视。根据《后汉书》的记载，汉明帝“游意经艺，每飨射礼毕，正坐自讲，诸儒并听，四方欣欣”。（《后汉书》第1125页）“诸儒执经问难于前，冠带缙绅之人圜桥而观听者盖亿万计。”范晔在《后汉书》中称赞道：“济济焉，洋洋焉，盛于永平矣！”（《后汉书》第2545-2546页）当时甚至匈奴族都派遣子弟来洛阳学习。汉明帝亲临太学并为太学生们讲课时，听众多达万人。其中就有从浙江来的王充，他在听了皇帝的授课以后，激动的心情久久难以平复。
整个东汉王朝都给予太学以高度重视。中间也有相对衰落的时期，比如汉安帝即位之初，曾经有人批评太学“今学者盖少，远方尤甚。博士倚席不讲，儒者竞论浮丽”。（《后汉书》第1126页）但很快就有所恢复。即便是太后临朝的时候，太学的发展也没有太大的停滞。汉顺帝死后，在梁太后执政期间，太学获得迅速发展。她曾诏令自大将军以下至六百石官员皆遣子受业。并规定每年以春三月、秋九月举行两次乡射大礼，以太学生充当礼生，盛况空前。自此，游子日盛，学生人数猛增至三万多。
其次，东汉的帝王们都非常关心太学里学业的设置。前面已经提到光武帝曾经试图在太学里设置《左传》博士。汉明帝曾下令对太学里的“章句”进行删减，使之更适合于教学。汉章帝建初四年（79年）下令：“太常将大夫、博士、议郎、郎官及诸生、诸儒，会白虎观，讲议五经同异。”（《后汉书》第138页）虽然太学里的博士都被今文经学所垄断，但事实上，太学里教授的内容早已突破了今文经学的藩篱。古文经学系统的《古文尚书》、《毛诗》、《春秋穀梁传》、《春秋左氏传》，虽然没有设立博士，但都可以在太学里自由地传授，学习这些古文经学的经典，参加政府组织的选拔考试，也可以做官。汉灵帝的时候，为了方便太学生的学习，也为了防止作弊，朝廷还在太学门外立了石碑，将儒家的经典刻在上面。这就是著名的熹平石经。
东汉的帝王们大体能够给予太学比较良好的教学条件。他们曾经多次下令修缮太学的房舍。比如汉顺帝继位后采纳翟酺建议，修缮太学，开拓房舍，一共修建二百四十房，一千八百五十室，其讲堂长十丈、广二丈（一说三丈）。作为太学教师的博士官，有比较优厚的待遇。皇帝经常给予博士官以额外的赏赐。同时，汉代的太学不但不收取学费，朝廷还会给予太学生一定的优待和赏赐。比如元和二年（85年），汉章帝下令：“赐博士员弟子见在太学者布，人三匹。”（《后汉书》第150页）永元十二年（100年），汉和帝下令：“赐博士员弟子在太学者布，人三匹。”（《后汉书》第187页）
熹平石经残石
东汉的太学在中国古代教育史上占据着非常重要的位置。不过这一切，到了东汉末年都灰飞烟灭。董卓之乱，洛阳城遭受空前劫难，全城被董卓付之一炬，辉煌一时的太学也毁于一旦。直到曹魏建立后，魏文帝曹丕才又重新在洛阳恢复了太学。
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