2019年12月以来，湖北省武汉市集中发生了不明原因肺炎疫情。流行病调查发现这些陆续出现的肺炎病例都与武汉市“华南海鲜市场”有关联。武汉市组织多学科专家会诊调查，利用实验检测等手段认定武汉地区肺炎疫情为病毒性肺炎。2020年1月8日，初步确认了一种新型冠状病毒为此次疫情的病原。
截至1月22日23时，国家卫健委收到国内24省(区、市)累计报告新型冠状病毒感染的肺炎确诊病例554例，死亡17例，全部为湖北病例。
到目前为止，依然没有研究明确表明造成此次武汉肺炎的“2019新型冠状病毒2019-nCoV”的宿主是什么？
1月22日，国家疾控中心主任、中国科学院院士高福表示，目前来看，新型冠状病毒的来源是武汉一家海鲜市场非法销售的野生动物。
此外，2020年1月21日，中国科学院上海巴斯德研究所郝沛研究员、军事医学研究院国家应急防控药物工程技术研究中心钟武研究员和中科院分子植物卓越中心合成生物学重点实验室李轩研究员合作，在SCIENCE CHINA Life Sciences（《中国科学：生命科学》英文版），在线发表了题为：Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission 的论文。
该研究发现武汉新型冠状病毒属于Beta冠状病毒属（Betacoronavirus）。Betacoronavirus是蛋白包裹的单链正链RNA病毒，寄生和感染高等动物（包括人）。在进化树的位置上，与SARS（导致2002年“非典”）病毒和类SARS（SARS-like）病毒的类群相邻，但并不属于SARS和类SARS病毒类群。有意思的是它们进化上共同的外类群是一个寄生于果蝠的HKU9-1冠状病毒。
所以武汉冠状病毒和SARS/类SARS冠状病毒的共同祖先是和HKU9-1类似的病毒。由于武汉冠状病毒的进化邻居和外类群都在各类蝙蝠中有发现，推测武汉冠状病毒的自然宿主也可能是蝙蝠。如同导致2002年“非典”的SARS冠状病毒一样，武汉冠状病毒在从蝙蝠到人的传染过程中很可能存在未知的中间宿主媒介。
然而，昨日（1月22日），Journal of Medical Virology杂志上发表了来自北京大学、广西中医药大学、武汉工程大学等单位联合完成的题为：Homologous recombination within the spike glycoprotein of the newly identified coronavirus may boost cross‐species transmission from snake to human 的研究论文。
该研究表明，蛇是造成当前武汉新型冠状病毒2019-nCoV感染爆发的最可能的野生动物库。
论文作者信息如下：
冠状病毒可以感染哺乳动物，鸟类和爬行动物，包括人、猪、牛、马、骆驼、猫、狗、啮齿动物、鸟类、蝙蝠、兔子、雪貂、貂、蛇和各种野生生物。
严重急性呼吸系统综合症冠状病毒（SARS-CoV）和中东呼吸系统综合症冠状病毒（MERS-CoV）属于Beta冠状病毒属，是可引起人类严重呼吸系统疾病的人畜共患病毒。
武汉市爆发的病毒性肺炎与华南海鲜批发市场的暴露有关，表明可能存在人畜共患病。
为了确定可能的病毒库，该研究基于新发现的冠状病毒2019-nCoV的现有序列，结合不同动物物种之间的相对同义密码子使用偏好（RSCU）进行了全面的序列分析和比较。
分析结果表明，2019-nCoV似乎是蝙蝠冠状病毒与起源未知的冠状病毒之间的重组病毒。重组发生在病毒突触糖蛋白内，该蛋白识别细胞表面受体。
此外，该研究结果表明，与其他动物相比，基于蛇的RSCU偏差类似，蛇是2019-nCoV最有可能是该病感染爆发的最可能的野生动物库。
综上所述，该研究结果表明，2019-nCoV5的突触糖蛋白内的未知来源的同源重组可能有助于从蛇到人的跨物种传播。
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/jmv.25682
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