万历十二年（1584年）以后，明神宗朱翊钧终于摆脱了张居正和冯保在政治上对他的威势，一切留在心中的昔日暗影统统被抹去了。自从，他才真正感到自己是个名副其实的皇帝，他要施展自己的权力，要堂堂正正地亲政了。
照理说，曾经有过抱负的朱翊钧应该坚持张居正的改革，使十年来取得的成果继续发扬下去，中兴大明，建功立业。然而亲政以后，朱翊钧来了一个一百八十度大转弯，张居正的改革措施几乎被全部废除，那些对皇上、对体制有制约因素作用的规章制度，尽行罢弃，曾被革除的冗官得以恢复。他还亲自谋划自己的生活用度，以养帝王之尊。如果说仅仅是在观念上的不同而废除张居正的改革，这倒也没什么，只要朱翊钧肯发奋图强，国家应该也能治理好。而亲政以后，朱翊钧沉溺于酒色，后宫已有美女数千计，但他还觉得不够，让太监为他从民间搜求美女，以供他享乐。日夜纵酒，沉溺美色，而且动则大醉，醉后必怒，怒则打人，宫女，内侍稍有不留意，便遭责打，重的常常被打死。他还逐渐学会了抽大烟，玩花鸟，在宫中常常以掷银叶为戏，其贪婪秉赋随着年龄的成长，也在与日俱增。
玩物丧志使得神宗朱翊钧的生活开始堕落，儿时的母后的严教下的寒窗苦读，雄心壮志，已荡然无存了。他每日处理政务，批改奏章感到厌倦，常常见到奏章留下不处理，及所谓的“留中”，时间长了也就不了了之了。后来朱翊钧又将日讲、经筵和早朝野一概停止了。在长达二十多年的时间里，阁臣们有事，却长时间无法面奏，便上疏央求神宗，哪怕每个月能临朝三四次也行，可神宗读罢觉得好笑，天下是朕之天下，我都不着急，尔等何故着急。当时有个叫雒于仁的京官，任职一年多了，只见过皇上三次面，看到皇上的懒散荒怠，甚是不安，于是写了一份上疏，题为《酒色财气四箴》，力数神宗日夜饮酒、耽于女色、贪财好货、乱伐天辜等劣迹，希望皇上能幡然醒悟。神宗看到上疏，勃然大怒，一定要治雒于仁的死罪，后经首辅申时行的劝阻，还是不要张扬的好，否则恐怕招致众议，令其归家为民。
神宗自知理亏，也只好作此处理了。从此以后，神宗索性把不理朝政公开化，自万历十八年（1590年）起，不再临朝，直到万历四十三年（1615年）发生了“梃击案”，他才召见过一次群臣，满朝文武才有幸得瞻仰天颜。作为一个皇帝，二十五年不临朝，在中国封建社会历代王朝中是仅见的。神宗不理朝政，造成了整个国家机器处在瘫痪之中，许多军政大事得不到处理。政府部门的官缺得不到及时补充，正常的运作难以维持，者成为了当时大明王朝的一大问题。万历二十四年（1596年）七月，吏部尚书孙丕扬上疏神宗，恳请皇帝体察国家多事之秋，必须因政设官的苦衷，准予吏部办理补缺，神宗对此不予理睬。到万历三十年（1602年），官员短缺的问题十分严重了，两京尚书缺三人，侍郎、科道缺九十四人，巡抚缺三人，布政使、按察使及监司机构缺六十六人，全国有二十五个府缺知府。
万历三十四年（1606年）二月，大学士沈鲤鱼和朱赓上疏，请求补六部大员，神宗对此奏疏十分反感，这一年，中央九卿要员空缺一半，有的衙署竟空无一人，参与上疏的朱赓任职三年，未见过神宗一面，而且有近一年的时间，内阁中只有他一人。到了万历四十年（1612年），内阁仅叶向高一人，六部仅赵焕一人，都察院连续八年无正官，六科只有数人，全国半数以上的府没有知府，新科文武进士及教职千人，待命在京城无人管。万历四十五年（1617年）二月，有数百人围聚在长安门外，大学士方从哲、吴道南路过此地便上前询问，原来是镇抚司所管犯人的家属，问之则曰：“司里没有主事的官，好长时间犯人得不到判决，关在狱中干耗着，人都快死光了。”
方、吴二人受犯人家属之托上书神宗，希望赶快结案，是杀死赦来个痛快。神宗依然是将此疏留中，不作处理。人云，明之亡自万历始，由是观之，当不诬也。
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