Galaxy生物医学领域最受欢迎的在线生物信息分析工具

生物信息学分析工具种类繁多、安装麻烦常常让人头痛，生物信息学分析平台这种门槛较低的可视化分析平台为非专业背景的研究人员提供了极大的方便，可以有效的从生信软件中脱离，只专注于数据的输入与输出，不关注数据的具体分析过程。

这些平台将各种生物信息学分析工具集合起来，研究人员可以通过网页或其他交互方式进行核酸和蛋白序列分析的平台。包括测序数据处理、序列比对、序列注释、功能分析等。研究人员只需设置好程序参数，所有的分析过程全部在服务器端运行。

Galaxy提供了一个执行交互式分析的分析环境，同时确保结果分析具有透明和可重复性。Galaxy框架在其后台封装了很多高端的计算工具，并且在网页的前端给这些工具以直观的使用界面而把计算和存储管理的细节隐藏起来。因此，它消除了在执行许多常见类型的大规模分析过程中对专门的信息学专业知识的需求。正因为如此，使得Galaxy生物信息分析平台成为了目前生物医学研究领域最受欢迎的在线生物信息分析工具。

Galaxy（够在不下载和安装任何软件工具的前提下做各种生物信息学分析，并记录每一步分析过程。）

https://usegalaxy.org/

打开首页，左侧是各种生物信息分析工具，右侧是历史记录及文件列表。

Galaxy的功能也基本满足了日常所需的的文本处理要求，如对大型文本文件行列提取、合并、条件过滤、删剪、排序和转格式都可以在线可视化完成。也包含对特定格式如bed、SAM、BAM、VCF和BigWig等格式文件的处理。打开Galaxy，你不需要安装任何程序，只需上传文件、设置参数、点击执行即可完成对数据的分析过程。

生信分析的数据可以分为以下几类：

• 参考序列，注释文件，索引文件

• 用户上传数据

• 分析过程中所产生的数据

Galaxy建立了专门的数据管理体系，用于记录这几类数据，便于不同工具间的交互。

Galaxy还是一个开源平台，通过生信分析人员不断以其为基础拓展分析流程，实现多种生信分析工具的融合。

Galaxy已整合了多个分析流程的开源工具，通过其网站即可访问使用，进入https://galaxyproject.org/use/，在UseGalxy页面下是官方服务器，点击The Galaxy Project free public server; biomedical research的Server，即可进入免费公共的Galaxy分析平台，选择NGS:RNA Analysis进入HISAT2分析界面，如下所示：

除了流行的分析软件，还有一些文本处理工具（勉强适合一些常规需要，毕竟大家的需求都是多样化的。。。）

除了官方的Galaxy Server外，还有一些团队/个人基于Galaxy开发的公开分析平台，可以在上述网站的Public Servers界面下找到，可以通过一些关键词找到你所需要的分析流程，如搜索proteomics，如下所示：

从中可看出Galaxy可以用于搭建定制化的生信分析平台，这点就很有意思了，其主要是提供一个平台框架，而管理员则是需要在这个平台上添加分析工具即可供他人使用，主要还是开源的。

参考官方文档

https://galaxyproject.org/admin/get-galaxy/

可以在linux系统上搭建一个属于自己的生信分析平台。

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