职能区别
要讲区别，首先要讲这三类单位的区别。
行政机关，顾名思义，具有行政管理职能的单位；
国有企业，顾名思义，具有生产经营职能的单位；
事业单位，无法单独定义，因为它就是行政机关和国有企业的过渡，有些是行政管理职能，有些是生产经营职能，还有一些则是公共服务职能，比较明显的就是图书馆。
因为职能不同，所以，三类单位吃“财政饭”“市场饭”的多少是不一样的。
目前来说：
行政机关，财政拨款，吃财政饭；
国有企业，自负盈亏，吃市场饭；
事业单位呢？又复杂了，只有行政管理职能、公共服务职能的，一般全额财政拨款；只有生产经营职能的，一般自收自支，财政不拨款；两者都有的，一般差额财政拨款，部分财政拨款，部分单位自筹。
工资来源
三类编制人员的工资从谁哪里来，这和拨款一致。
行政编制人员的工资是财政发的；
企业编制人员的工资是企业自己发的；
事业编制人员看情况。
所以，行政编制最稳定，企业编制最不稳定，事业编制处于两者之间，民间常戏称为金饭碗、银饭碗和铁饭碗。
这里有两个小点指出：
一是对于同等级别的行政编制人员和全额拨款事业单位的事业编制人员，前者的待遇要高一些，即“行政高于事业”；
二是尽管名义上国有企业工资由企业自行发放，但在十八大以后，国有企业已经普遍实施“工资总额制”，由国家限制国有企业的发放工资总额，不得超额滥发。
用人关系
行政编制人员和用人单位属于人事关系，不受《劳动法》调整而受《公务员法》调整，不签任何合同；
企业编制人员和用人单位是劳动关系，受《劳动法》调整，签订劳动合同；
事业编制人员和用人单位属于人事关系，受《事业单位人事管理条例》调整，签订聘用合同。
目前，国有企业是自负盈亏，国家对“财”不管，因此，国家也不太管国有企业的“人”，其人员录用工作，基本由国有企业自行决定，
而行政机关、事业单位的人员录用则需要通过各级编制管理部门，即编制管理办公室进行核准控制，今天其实已经没有“企业编制”的概念，只有行政编制和事业编制。
但值得指出的是，随着事业单位也实行“全员合同制”，和企业一样签订聘用合同，“事业编制”的色彩也在慢慢淡化，地方编制管理部门是否一定还完全管理事业编制事项，各地做法不一。严格来讲，如果事业单位属于自收自支类型，不需要财政拨款，那么国家对其的编制管理工作已经失去本来的意义。
行政机关方面，则只有深圳等少数地区实施了“聘任制公务员”制度，和企业一样签订劳动合同，但并非主流。
人员制定
行政编制人员过去不缴纳社保，本世纪初逐步实现了“医疗并轨”，开始缴纳医疗保险，13年后开始推进“养老并轨”，缴纳养老保险。除此之外，行政编制人员还缴纳职业年金。
企业编制人员目前和一般企业一样，全部缴纳五种社会保险，并缴纳企业年金。
事业编制人员大多数和企业编制一致。
不过，实际操作中，行政编制和事业编制人员的养老制度和企业编制依然有所差异。另外，对于退休人员的待遇，目前也并不明确是否和企业编制完全一致。
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