朱棣刚进南京称帝，苏州知府姚善就不服，有人劝他逃到海外避难，他说我是“守土之臣，义当与城存亡者也。”既不肯向朱棣投降，也不肯跑路，但他是手上没兵，没几天朱棣派的太仓卫镇抚司的兵一来，就把他抓起来送到南京去了。朱棣亲自审问姚善，说我已经当了皇帝，你怎么还敢“反抗”，他说反抗谈不上，不过是“各为其主”罢了。显然是毫无斗志，只是不想活了。
但是此举也遭到了朱元璋的儿子们的不满。但是朱元璋还在世，不能表现出来，在朱元璋的儿子中，朱棣是实力最强盛的藩王，朱元璋去世后，朱允炆由于惧怕这些藩王，而频频下令削藩，此举更加引起了朱棣等人的不满，于是，朱棣打着"清君侧"的名号开始起兵反叛，于是大战拉开帷幕了。
历史上杀开国功臣最狠的莫过于明太祖朱元璋，胡惟庸案牵连诛杀上万人，将功臣蓝玉剥皮充草，火烧庆功楼等。可以说手段极其残忍，就连太子朱标多次劝谏也遭朱元璋痛骂：“我所做的一切都是为你清除隐患，让你以后继位统治天下方便许多。”
只可惜朱元璋千算万算都未算到太子早逝，自己所做的一切并没有给孙子朱允炆带来便利，反而为朱棣利用。因为朱允炆无御敌之将，使得朱棣以少胜多，轻而易举地就打败了侄儿朱允炆，并利用朱元璋残暴的影响力，使得天下迅速臣服。
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