天然水晶在漫长的生长过程中，由于其生长环境的不断变化，比如地壳运动、地震等因素，会在水晶中形成棉、云雾、冰裂纹、水纹和矿缺这些“瑕疵”。
1、冰裂
是指水晶内部有片状物，给人一种花花的冰裂的感觉（有时还会有变彩效应）。这个是水晶在形成的过程中，由千亿年地壳运动（地震或是底层的挤压）而产生的一种”痕迹”，这是原子排列出现的错误，并不是裂痕。
2、棉絮和雨雾
这是对于通透性水晶而言，其内部出现的雾蒙蒙的感觉，或是体内有棉絮状物存在。
3、矿坑
主要指水晶表面的坑洼，是水晶在生长过程中自然形成的而不是人为造成的损伤。
4、水纹
在一些水晶里面，会有一些细长如丝、淡如流水的水纹，在光线照射下，会看的更加清楚，或纵横交错，或沿着一个方向规律分布，这就是水晶中的水纹。
水晶的鉴别
1.温度
将水晶拿在手里一段时间，天然水晶手感是凉的，而玻璃类饰品则一般是温的，在手中迅速变温的可能是非天然水晶。
2.目测
天然水晶在形成过程中，往往受环境影响总含有一些杂质，对着太阳观察时，可以 看到淡淡的均匀细小的横纹或柳絮状物质。
3.光照
天然水晶竖放在太阳光下，无论从哪个角度看它，都能放出美丽的光彩。假水晶则不能。
4.用二色检查
天然紫水晶有二色性，假水晶没有二色性。
5.用放大镜检查
用十倍放大镜在透射光下检查，能找到气泡的基本上可以定为假水晶。
6.用头发丝检查
将水晶放在一根头发丝上，人眼透过水晶能看到头发丝变成双影的，则为天然水晶，主要是因为水晶具有双折射率。
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