明代洪武十五年(1382)，广南西路宣抚司改为广南府，辖今广南、富宁两县。临安路改为临安府，辖教化长官司(文山、砚山)、八寨长官司(马关、麻栗坡)。丘北县属广西府维摩州。
清代康熙六年(1667)，在平定教化、枯木、八寨、王弄等土司与滇南诸土司联合反清的基础上，改土归流，以教化、王弄、安南三长官司地设开化府，辖开化、安南、王弄、逢春、永平、东安、江那、乐龙八里。原广南府辖广南、富州(富宁)。丘北仍隶属广西府维摩州。康熙八年(1669)裁广西府之维摩州，将其部分辖地划入广南府和开化府。清雍正八年(1730)七月，开化府增设马白同知及文山县附郭。开化府辖逢春里(今文山县古木乡、抑井乡一带地区)、东安里(今西畴县及麻栗坡县部分地区)、永平里(今马关县八寨镇及河口市部分地区)；文山县附郭管辖开化里(今开化镇、攀枝花乡、追栗街乡、平坝乡及喜古乡一部)、王弄里(今文山县老龙乡、小街乡、新街乡及屏边县、金平县部分地区)，乐龙里(今文山县德厚乡、红甸乡、秉烈乡、马塘乡及喜古乡、坝心乡一部)、安南里(今文山乐诗冲乡及蒙自县老寨一带)、江那里(今砚山县一带)。清乾隆二年(1737)，广南府添设宝宁县附郭，治所设今广南县城。清嘉庆二十五年(1820)，开化府设安平厅(今马关)，辖逢春、东安、永平3里。清道光三年(1823)，文山县增设江那(今砚山)县丞管江那里。清道光二十年(1840)，丘北县丞升正县，隶属广西州。光绪十三年(1887)，设临安开广道辖临安、开化、广南3府。同年，《中法续议界务专条》规定将今马关县都龙、麻栗坡县南温河等南山地区归中国，设归仁里隶安平厅。光绪二十一年(1895)，今麻栗坡猛硐山及猛硐上中下三村划归中国，属开化府安平厅归仁里辖。清光绪二十三年(1897)，设麻栗坡交涉副督办署及河口(时属安平厅)交涉副督办署。
中华民国2年(1913)，裁撤开化府，文山县附郭称开化县；丘北县增设一员五槽县佐。裁撤广南府，改称广南县；富州厅改富州县；安平厅改安平县。民国3年(1914)复文山县名，麻栗坡交涉副督办公署改为麻栗坡对汛特别区督办公署，直属云南省都督府。安平县改称马关县，原辖地东安里改设普兰行政公署，辖西洒、畴阳两地域，隶马关县。民国4年(1915)广南县在维摩设县佐。民国9年(1920)西洒、畴阳由马关析置设正县名西畴县。民国21年(1932)，江那、小维摩两县佐辖地合并设砚山设治局， 民国24年(1935)改设正县名砚山县。民国26年(1937)， 富州县改称富宁县。民国31年(1942)，文山、砚山、西畴、马关、屏边、丘北、广南、富宁8县隶属云南省第二行政督察区，治所设于文山县城，称云南省第二行政督察专员公署。民国35年(1946)，云南省第二区行政督察专员公署改称云南省第四区行政督察专员兼保安司令公署，除麻栗坡对汛督办署属省辖外，辖区未变。民国38年(1949)， 国民政府濒临灭亡，中国共产党领导的人民武装先后解放了文山地区，建立人民民主政权。 1949年2月，广南、西畴、马关3县建立县人民民主政权；3月，成立马列坡县人民民主政权；4月，文山、砚山、丘北3县建立县人民民主政府；6月，富宁县成立县人民民主政府；12月，河口县城解放，成立县人民民主政府。6月，于西畴县西洒成立滇东南行政专员公署。
1950年1月7日，文山县城解放，滇东南行政专员公署进驻文山县城，3月，改称文山专区专员公署。1950年3月，将河口县划归蒙自专区，6月将马列坡县改称麻栗坡市；1955年10月，麻栗坡市改为麻栗坡县。 1958年4月1日，经国务院批准，建立文山壮族苗族自治州，实行民族区域自治，文山专区专员公署改称文山壮族苗族自治州人民委员会。 1958年10月，西畴、麻栗坡两县合并称西畴县，治所西畴兴街；砚山县并入文山县称文山县，治所文山城；全州共辖6个县。1961年9月文山、砚山两县分设；西畴、麻栗坡县两县分设，全州仍辖8个县。1967年“文化大革命”期间实行军事管制，州军事管制委员会取代州人民委员会；8月先后成立县军事管制委员会，取代县人民委员会。1968年9月，经云南省革命委员会批准，成立文山壮族苗族自治州革命委员会，各县也相继成立革命委员会。 1980年11月25日，文山州第七届人民代表大会第一次会议，根据地方各级人民政府组织法规规定，将文山壮族苗族自治州革命委员会改为文山壮族苗族自治州人民政府(各县也先后恢复县人民政府称谓)至今。
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