警队高层要求英国方面的军方特种部队向特警队作出实力评估后在装备和策略上作出了很多改变，并以军方特种部队为蓝本。后来更自行发展了自己的训练计划及设备，并联同海外的特种部队或反恐怖队伍于香港或当地进行训练与交流。时至今日，特警队曾多次出动；包括围捕悍匪或水浸救人都屡建奇功，被广大市民冠以“飞虎队”称号。
1997年香港回归后，飞虎队的去留问题一直是关注焦点；并有不少传言，如飞虎队早已解散等等。实际上在香港回归后飞虎队仍然编制于警察机动部队，直属警务处副处长管理。
飞虎队的出勤程序大致分为两种：当警方或政府需要飞虎队支援时，须经由警务处行动处副处长授权即可出动。若发生紧急突发事件（如警匪枪战，挟持人质等）则可直接向飞虎队主管求助，并报备行动处副处长。飞虎队平时在出勤前会评估任务性质，然后再决定武器装备与出勤人数。
特别任务连由警务处副处长（行动处）直接指挥，由一名警司担任主管。特别任务连总部〈位于警察机动部队总部之内〉下设为3组：
行政组：负责一切行政方面的事宜，包括军械、装备、设备、运输等管理及调配，并且作为情报分析中心。
室内近身作战训练中心：为全亚洲最先进的室内近身作战训练中心〈英文：Close Quarter Battle House，缩写CQBH〉、军械库、运输队、通讯组：训练与支援组、医疗支援队、海事反恐怖活动小艇队、总部训练队
行动组：人员分为两更当值。
攻击队：分为A及B两队、狙击手队
曾经存在组别：水上攻击队（水鬼）
飞虎队经过近三十年的强化及演变，已成为一支具有海陆空全天候作战能力的反恐特种部队，他们训练有素，装备精良，在屡次任务行动中表现突出，是世界上的一支顶级特警队，也是亚洲著名反恐特种部队。
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