因为皇帝下令抓他，后来死在狱中。
李贽，明朝最为异类的思想家，反对程朱理学，对孔子的学说也基本否定。李贽反对把孔子的话当成圣贤之说，把一个普通人孔子当成圣人。更先进的是，李贽竟然主张男女平等。明朝是宋朝的放大版，轻武重文思想严重，儒家思想压制异说。
在李贽所处的那个年代，李贽被所有人都当成异端，大怪物，大魔头。
李贽晚年在湖北麻城讲学，受到当地官僚士绅的打压，甚至把李贽所住的房屋都给强拆了，说李贽是不受麻城欢迎的人，赶紧滚蛋。
此时的李贽，叫天不应，叫地不灵，而更命的是，他已经七十多岁了，风烛残年。这个时候，有个人站了出来，说你们太欺负人，你们躲他，我去找他。
他就是马经纶，当过监察御史，他对李贽非常崇敬。李贽落难，马经纶挺身而出，带着李贽去了通州安顿。马经纶本意想让李贽离楚地远一些，可没想到，北京的官僚士大夫同样恨李贽。
刚到蓄意，给事中张问达就上书攻击李贽，把李贽骂的一文不值，说他野心勃勃，说他勾引妓女，人妻，是个大淫魔。然后云此等人不杀，有违名教，不毁其书，不能正人心。
万历皇帝也不喜欢李贽，要是任由李贽胡说八道，自己的统治根基就要崩塌，还不得要饭去？万历下旨，抄拿李贽，烧毁李贽的著作，把李贽压回原籍，审理定罪。
当锦衣卫来到通州，李贽已经有了预感，他叫马经纶赶紧走，不要受自己牵累。马经纶当然不走，说他们把你当成妖怪，顺带着我也成了妖怪，那还走什么，不过一死而已。能与先生死在一起，我也千古留名了。
李贽被锁拿进京，马经纶片刻不离李贽。很多人都劝马经纶：老马，你疯了吧。李贽连神仙也救不了他了，别人都恨不得躲的远远的，你却免费倒贴？现在离开他还来的及。很多亲戚苦劝马经纶：你官不小了，要考虑自己的前程。马经纶一概不听。
李贽被下狱，马经纶怕有人害李贽，想尽办法，甚至是花钱买通，让李贽的狱中生活尽量好些。同时，马经纶上书驳斥那些道学先生，为李贽做无罪辩护！
可惜的是，李贽经此磨难，已心灰意冷。人生际遇如此，留下来还有什么意义呢？在狱卒给李贽理发的时候，李贽夺过剃刀，自刎而死，年76岁。当时马经纶不在京里，而是回了通州家里，因为他就是通州人。当他回到牢里，才知道的死讯。马经纶痛哭失声。边哭边说：他是个人人都恨的妖怪，可你们见过有官不当，有家不立，有钱不赚的妖怪吗？他死了，没人敢给他发丧，我敢！大不了官不做了！
马经纶不顾很多人的指责，毅然给李贽发了丧。面对扑天盖地的指责，马经纶绝无悔意。
马经纶本身也是个敢于世俗抗争的奇人。说到万历，大家都知道雒于仁骂万历酒色财气，一骂成就千古名。其实，当时还把万历骂吐血的，还有马经纶。马经纶上疏历数万历之罪，把万历骂的一文都不值，气得万历脸都绿了，把马经纶连贬三级，赶出京去。
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