1644年，清军入关之后，一路南下，很快渡过长江，兵峰直指浙江、福建。当时南明政权负责福建军务的是郑芝龙，此人是海盗出身，后来投降明朝被崇祯皇帝封为总兵。明朝灭亡之后，郑芝龙在福建拥立唐王朱聿键为帝，年号隆武，郑芝龙被册封为南安候，负责南明所有军事事务。
面对清兵的大举入侵，郑芝龙硬着头皮率军出仙霞关抵抗，可是大军才走出没有三四里，郑芝龙就以军队粮草供应不足为理由撤兵。同年八月，隆武帝决定亲政抵抗清兵，不料在汀州失败被俘，惨遭清兵处死。听说隆武帝死后，郑芝龙立刻率军回到海上，重新做起了海盗。
1646年，清兵攻占福州之后，派人劝降郑芝龙，他不顾儿子郑成功的再三哭谏，决意投降清朝。郑成功在叔叔郑鸿逵的劝说之下，带领一部分手下逃亡金门。郑芝龙投降之后，派人送来书信，要郑成功与他一起投降。郑成功给父亲回信说道：“从来父教子以忠，未闻教子以贰。今吾父不听儿言，后倘有不测，儿只有缟素而已。”
郑芝龙本来以为投降清朝之后，等待他的是清朝之前答应给他的“闽粤总督”官位，结果连官印还没见到，就被清朝的贝勒博洛连夜挟持，送往北京。开始的时候，清朝为了拉拢郑成功，还对郑芝龙十分优待，后来郑成功一直不肯投降还占领了台湾。失去耐心的清朝将郑芝龙在北京处死，连同在北京的郑家之人一个都没有留下。
根据史书记载，郑成功的母亲田川氏是一名日本女人，郑芝龙投降清朝之后，田川氏本以为就安全了，所以没有逃跑，还留在了安平。不料不久后，清军攻入安平，大肆掳掠，郑成功的母亲也因此丧命。关于田川氏的死因，历史上的文献有多种记载，一种说她自杀而死，当清军入城之后，她害怕遭到侮辱，就持剑自己刺腹而死。
但明代大儒黄宗羲的记载却称，田川氏是被清军凌辱至死。郑成功听说之后，立刻带兵将母亲的尸体抢回来，并且用彝（夷）法“剖开母亲腹部，将内脏洗涤干净，再置回体内加以安葬。”安葬完母亲之后，郑成功拿上自己的儒巾、青衫来到南安文庙焚烧，在孔子像前四拜，说：“昔为孺子，今为孤臣，相背去留，各有作用。谨谢儒服，庶先师昭鉴！”
说完这些话之后，郑成功转身而去。从此郑成功弃文从武，从一介儒生摇身一变为统帅千军万马的大将军，他的军队也成为反清复明最具实力的一股力量。
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