清朝自建立以来，不断加强对西北的掌控，同时这块偏远且民族复杂的“荒凉地域”也成为了王朝的心腹大患，康、雍、乾三朝几乎所有大规模战争都是与西北有关，称雄一时的漠西蒙古准格尔部叛乱更是跨越了三朝，直到乾隆中期才最终平定，可以说清朝整个盛世都交付给了西北这所谓的“蛮荒之地”。
同治元年，陕西的回民人口增加，力量也在加强，于是想要建立一个独立的伊斯兰国的念头开始萌生。一些回民首领如白彦虎、马化龙等暗中发动回民，“传帖杀人”。想要借太平天国动乱陕西清军调走之际杀光陕西汉人。在黄河以西建立一个纯粹的穆斯林国家。汉人措手不及，而且也无力抵抗，渭河两岸的全县村庄，30万汉人全被杀光。只有临潼知县得知情况后，紧急关城才保住了一些汉人。
当时穆斯林武装分子达30万人，号称“陕回十八营”。几个月内在关中平原杀汉人五百万。一年时间关中悉数汉人县长被回民杀害，大量汉人被杀，只有一些县城内和逃入骊山的汉人幸免。 当时武装分子首领白彦虎杀人最凶，立志掘掉黄帝陵，幸被汉人首领董福祥击退。
眼看着杀戮有愈演愈烈，甚至有蔓延之势。清廷再也不能淡定了，围绕是出兵还是彻底放弃，湘军集团和淮军集团爆发了激烈的辩论，李鸿章主张放弃西北，任其自生自灭，一心一意讨平中原地区的反叛势力，而左宗棠则认为决不能放弃西北，这样以来中国的后方就再也没有战略纵深，中原地区将直接面对来自西北的威胁。最终在慈禧太后的支持下，左宗棠得以胜出，率领湘军集团中的楚军奔赴西北平乱。
当时“重灾区”主要集中在陕西，汉人被杀约700万人。左宗棠来到后陕西回民在被清军镇压退到甘肃后。对甘肃汉人又进行了大屠杀。当时甘肃地靖远民谣：“同治五年三月间。杀气弥漫天。十余万人一朝尽。问谁不心酸。”
“同治回乱”主要发生在延安，这场灾难对西北地区造成巨大的破坏以及深远的影响。回汉人口损失2000多万。陕西近一半人口死亡，甘肃死亡率达70%以上，汉民几乎在甘肃、宁夏和青海的许多地方绝迹。而与此同时，左宗棠的到来，汉人也同样对回民展开了报复，回民几乎在陕西消失。
陕西回民首领马化龙粮尽援绝，赴左帅营中请降，表示愿以一人“抵罪”。马化龙及其子马耀邦向清军交出各种火炮56门、各种枪千余杆。并写信向王家疃庄的回民劝降。左宗棠恼恨马化龙反复无常，残杀无辜。死在他手里的百姓有十数万。实属罪大恶极。同治十年（1871年）正月十三日。马化龙与亲属及反清首领共1800余人被清廷处死。清廷将其头颅遍示全国各地达10年之久。其子孙几被剪灭殆尽。陕西上百万回人要么被杀，要么被迁走，要么吃猪肉改回汉族。
另一匪首白彦虎逃往新疆，后来又投靠浩罕侵略者阿古柏。后来左宗棠收复新疆，白彦虎又逃到中亚，也就是今天东干人的祖先。而后来民国中马家军的祖辈马占鳌、马海宴、马千龄当年就是甘肃河洲暴动的回民，只是左宗棠接纳了他们投降。马家军由此起家。
在这里记述这段历史，并不是要挑起民族仇恨，我们不能忘记，中华民族大家庭形成过程中，我们并非一帆风顺。但那些逝去的英雄我们不能忘记，正是有了他们，中国才有了今天的版图，中国才真正叫做中国。我们自血泪中走来，更应携手并进，不畏风雨。
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