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目前，针对分子生物学实验有多种技术方法，那么我们该如何判断选择哪种方法适合呢？我们需要去了解实验方法的特性。无非就是用某种特定的刺激物（如细胞活素）去刺激一些细胞或组织，让它们high起来，然后分析细胞对这些外源刺激物的反应，检测细胞内哪条信号通路被激活或失活，或者什么蛋白被分泌出来。每一种实验方法都有它的特性，下面就以下几种方法做介绍：
什么时候用免疫印迹实验？
免疫印迹实验（Western Blot，WB）可检测信号通路中某种蛋白质的特性、表达和分布，分析容量大、敏感度高、特异性强。建立蛋白质的个人档案
但至于蛋白-蛋白相互作用则要用另一种更复杂的方法，即免疫共沉淀法（Co-immunoprecipitation，Co-IP），它接近细胞内的生理情况，是以成为经典方法。
什么时候用表面等离子体共振？
表面等离子共振（Surface Plasmon Resonance，SPR）除了研究蛋白-蛋白相互作用（例如受体-配体相互作用），还有可研究小分子-蛋白或细胞-蛋白的相互作用。这种方法不需要标记蛋白（荧光标记或同位素标记），还可以实时定量分析这些相互作用的亲和力、热力学、动力学特性。SPR是分析动力学和亲和力的金标准。
什么时候用电泳迁移率实验？
电泳迁移率实验（Electrophoretic Mobility Shift Assay，EMSA）最初用于检测DNA结合蛋白与相应的DNA序列结合的情况，可做定性和定量分析，包括细胞核中的转录因子（如NF-kB ）的活性等等，现在也常用于研究RNA结合蛋白和相应的RNA序列相互作用。
这些分析用酶联免疫吸附实验（EenzymeLinked ImmunosorbentAssay，ELISA）也可以做，原理差不多。
什么时候用聚合酶链式反应？
PCR（Polymerase Chain Reaction）或Real Time PCR可以把特定的DNA序列大幅扩增，便于检测活性基因的表达情况。而且PCR用途很广。
什么时候用酶联免疫吸附剂测定？
酶联免疫吸附测定enzyme linked immunosorbent assay（ELISA）如果要看看细胞外如何，比如细胞培养上清液或体液中的某种蛋白质分泌情况，则通常选用ELISA，从而获知相应基因的活性。
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