到明朝末年新疆天山北麓被蒙古瓦剌诸部占据，谁也想不到之后他们将成为新疆的主人几十年。那么这些明末新疆的瓦剌诸部的兴衰又是如何演绎的呢。
在元朝时称瓦剌为斡亦剌，又作卫拉特或卫喇特。蒙元时期，卫拉特贵族与黄金家族建立了世代通婚关系，权势显赫。14世纪随着元朝皇室衰微，瓦剌遂乘机兴起。土木堡之变后，瓦剌部在崛起的蒙古鞑靼部的打击下向西迁移。明末清初之际，又分为四大部族，分别是准噶尔部、和硕特部、土尔扈特部和杜尔伯特部，是以松散的联盟方式进行统治。在新疆主要分布于北疆地区。
（大明崇祯元年1628年，漠西蒙古四大部族大致势力分布图）
大明崇祯年间，四大部族之一的准噶尔部在首领巴图尔带领下的逐渐强大起来，遂逼迫土尔扈特部首领率所部与部分杜尔伯特部、和硕特部西迁，在乌拉尔河与伏尔加河之间建立了卡尔梅克蒙古部落。直到乾隆三十六年（1771年），土尔扈特部首领渥巴锡为摆脱沙俄压迫，率领部众冲破沙俄重重截击，胜利返回祖国。
之后准噶尔部首领巴图尔不断扩大自己的领土，并在崇祯11年（1638年）在博克塞里（今博克赛尔蒙古自治县）建成自己的都城，1640年，制定了《喀尔喀—卫拉特法典》，在1643年，巴图尔通过战争占领了七河流域地区，迫使大多数部落氏族向他臣服。巴图尔时期，曾连续两次击退沙俄的侵略，迫使沙俄承认了准噶尔汗国，遏制了沙俄染指新疆的企图。
清世祖顺治元年（1644年），大明崇祯皇帝自缢，明朝灭亡。顺治三年(1646)，和硕特首领兼卫拉特盟主固始汗与卫拉特各部首领二十二人联名奉表贡，归顺大清。
康熙15年（1676年），准噶尔部首领噶尔丹派兵击败盟主鄂齐尔图汗，把卫拉特诸部的松散联盟变为准噶尔垄断权力的政权。
噶尔丹继续四处征服其他部族，于1678年出兵南疆，攻灭叶尔羌汗国，把广大维吾尔族地区置于其统治之下，于1681年征服了吐鲁番汗国。并不断发起对蒙古高原的喀尔喀蒙古诸部的进攻。康熙帝先后三次派大军远征，获得沙俄武器援助的噶尔丹与清军进行了激烈的枪战和炮战，最终于康熙35年（1696年）被彻底击败败，在逃亡一年后，于阿尔泰的阿察阿穆塔台自杀身亡。噶尔丹时期，也是准噶尔最鼎盛时期。
噶尔丹败亡后，其继任者带领准噶尔又逐渐强大起来，继续和清廷对抗。一直持续到乾隆年间。
康熙56年（1717年），准噶尔灭和硕特之后的疆域图
对于准噶尔的叛乱，大清历经康雍乾三朝，屡派大军远征，直到乾隆20年（1755年）才彻底平定。整个准噶尔部族被尽数屠灭，彻底淹没在历史的长河之中。乾隆24年（1759年）秋，天山南路完全平定，至此清朝完全控制了今日的新疆地区。
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