1895年，袁世凯上奏光绪帝，提议建立一只新式陆军，获准后他在天津小站练兵，一只强大的北洋军就此诞生。一些并无显赫出身的北洋军人相继成为了袁世凯的骨干，比如北洋三杰：王士珍、段祺瑞、冯国璋，以及其它北洋大将曹锟、吴佩孚、张勋等。
这些北洋军人在袁世凯去世后，相继划分为了不同的派系，在不同的时期成为呼风唤雨的军政巨头，在民国初年上演了一幕幕的大剧。
那么，在袁世凯去世后，他们是什么时候才开始分裂成为我们熟悉的皖系、直系、奉系呢？
1916年6月6日，袁世凯因病去世，第二天，副总统黎元洪接任民国第二任大总统。但是黎元洪手中没有属于自己的直属部队，因此，当时的内阁总理兼陆军总长段祺瑞以北洋第一继承人的身份掌控了北洋政府实际大权。
此时的大总统与内阁关系紧张，但也只是“府院之争”，北洋众兄弟还没有分裂成为各自的派系山头。基本还是听从于段祺瑞的执政地位。
1917年6月，张勋的“辫子军”进京。7月1日，他撵走了大总统黎元洪，把12岁的溥仪又搬出来搞了一出复辟丑剧。7月12日，段祺瑞率领的“讨逆军”攻进北京，段祺瑞重新组阁。
大总统黎元洪
段祺瑞不打算迎接被张勋驱逐下台的黎元洪回来继续担任大总统。他在4月份的时候，因“府院之争”被黎元洪免去内阁总理。所以，他请在南京的副总统冯国璋进京担任大总统。
冯国璋进京担任大总统后，对着自己的北洋弟兄段祺瑞表示：“华甫（冯国璋字）完全尊重责任内阁制，对于内阁用人、行政以及政策的决定，决不干涉，今后不会再有府院之争了。”
段祺瑞听到这番话，自然是满意很多，对冯国璋的态度比对以前黎元洪的态度好了很多，好像“北洋二杰”将会携手并肩，共同治理国家了。
皖系首领段祺瑞
结果，冯国璋到职不久，便想恢复袁世凯时期的“大元帅陆海军统率办事处”，以便收揽兵权。对此，段祺瑞当然不同意，因为他已经在自己的内阁里设置了“参陆办公处”，这是总理掌握全国兵权的一个机构。
现在，冯国璋提出划分府院权限，并公开指出大总统有权过问军队大事。段祺瑞对此也无话可说，只得同意每天派一个阁员向总统汇报军情。
可是，总统、总理的权限之争，并不是在这一件事上让一点步就可以缓和的。特别是在段祺瑞准备采取“武力统一”的政策，想出兵南下，进军西南的问题上，因为要经过冯国璋手下控制的地盘，冯国璋担心段祺瑞会顺势用兵，抢走他在南方的根据地。于是，这两位北洋巨头合作没多久，就开始出现对立和裂痕了。
直系首领冯国璋
随着这两位北洋巨头的对立，追随他们身后的北洋大小军阀也就相应地划分出了阵营。由于段祺瑞是安徽合肥人，故人们把以他为首的北洋军阀集团称之为皖系；而冯国璋是直隶（今河北）河间人，故人们就把以他为首的军阀集团称为直系，在冯国璋因病去世后，曹锟又继任成为直系首领。同时，称霸东北奉天（今辽宁）的张作霖，自然就成了奉系首领。
北洋分裂成为三大派系后，随着巨头们政见不一，发展到后期，只能诉诸武力来决定政策，之后爆发了著名的“直皖战争”，以及两次“直奉战争”，成为我国二十世纪初“军阀混战，天下大乱”的时代。
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