一、三体是一个外星种族，因星球生存条件恶劣（三个太阳），非常希望能够移民（占领）适宜居住的星球，第一部的主角叶文洁，对人类文明彻底绝望，向外界发送了宇宙波信号，招来了四光年外的三体人
三体人派出百分之一光速的飞船舰队，前往地球，同时以光速向地球发射了锁死地球科技的质子，并协助地球中反人类的异类组成了三体组织，实施各种迎接三体人降临的阴谋。
地球人虽然成功地消灭了三体组织，然而暴露出来的真相确让地球人无可奈何，此时的地球人对于三体而言，只是虫子！
二、地球人不甘心坐以待毙，发起了各种自救行动。针对三体人依靠思维传输交流（不会欺骗）的特性，拟订了阶梯计划和面壁计划。
性格孤僻身患绝的云天明在送给女神一个梦幻礼物（恒星）后，一心求死，却被女神劝说参与把脑子切割下来，靠运气送往太空中前行的三体舰队，而后随机应变，这就是阶梯计划；
面壁计划则由四名面壁者调动全球资源以只有自己知道的方式去寻求破局，不需要向任何人解释；其中三个面壁者都失败了。
第四个面壁者----三体人唯一要杀死的地球人罗辑，是面壁人中唯一既不是政治家也不是科学家的奇怪角色，除了莫名其妙地将一个几十光年外的恒星坐标发射了出去，其他什么也没干；整个面壁计划看起来就像个笑话。
地球人在经历了短暂的恐慌后，利用三体舰队到达前的四百多年时间，大力发展了航天科技，建造了数量众多的舰队，信心暴增，危局似乎已经解除；直到遭遇三体人派出的超时代武器----水滴（一个），一个照面全军覆没，地球再次进入必死之局。
三、从冬眠中唤醒的罗辑成为了地球的救世主-----之前发送坐标的那颗恒星被摧毁了，而这印证了罗辑关于宇宙社会学的推论〈黑暗森林法则〉——每个文明都是黑暗中潜行的持枪猎人，一旦被发现，能生存的只能是一方或者都不能生存。
坐标的暴露使那颗恒星遭到摧毁；而地球和三体的坐标成为悬在三体个地球头上的达摩克利斯之剑，而罗辑成为掌握两个种族命运的执剑人，而罗辑高达90%的威胁指数（有危险就会发送坐标的概率）迫使三体人非常配合，地球跟三体进入和平共处的新局面。
四、长久地和平让地球人又一次遗忘了自己的局面，仿佛三体从来都是当今的绵羊模样，在罗辑老去将要更换执剑人的时候，云天明的女神程心——万恶的圣母婊，拒绝可前上司维德的劝阻，参与并赢了被三体评测威胁指数99%的维德，获得了执剑人资格。
就在新老执剑人进行交接后的十分钟内，三体发动了攻击（程心的威胁指数不到20），摧毁了地球人的坐标发射装置，解除了地球人唯一的威慑措施，地球人再一次成为待宰羔羊，所有人被要求转移至澳大利亚，并不准生育繁衍，地球人的灭绝已经不可阻挡。
六、一艘飞船幸运地遇到四维空间，摆脱了‘水滴’的追捕，将坐标发射了出去，不久三体的三个太阳被摧毁了，三体舰队调整了航向，不再前往地球，因地球也即将面临被摧毁的命运；临走前三体人答应云天明和程心进行一次交流。
在三体人的监视下，云天明用三个童话故事偷偷地将拯救地球人的方向告诉了程心；地球人对于云天明告知的方向存在分歧，维德在程心冬眠期间掌管了程心的公司，大力发展光速技术，而这违背了当时主流的方向——在太阳被摧毁后移民土星；
程心醒来后又一次做了极其愚蠢的决定，终止了光速飞船的科研方向，此时来自其他文明的打击到了，并不是之前以为的摧毁恒星，而是降维打击——用二向箔将整个太阳系平面化，整个人类随着太阳系成为一副无人欣赏的画卷
七、地球上唯一的光速飞船就是程心的前上司制造的，这艘飞船载着程心飞向云天明送给她的那颗恒星，这里有云天明留给程心的礼物——一个小型宇宙，一个独立于宇宙体系的特殊空间。
因为文明之间的相互摧毁频繁使用降维打击，原本十一维的宇宙变成了三维，于是有高级文明主导重新启动宇宙，呼吁全宇宙文明主动交出特殊空间——小宇宙，圣母婊最后一次坑了全宇宙——藏起一部分东西没有交出，导致宇宙总质量不足而重启失败，宇宙毁灭。（全剧终）
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