最大的挑战就是孙中山
陈炯明联省自治梦想的最大挑战，就是孙中山。孙中山在实力不足的情况下，仍坚持强悍的武力统一中国行动，这最终导致两人分道扬镳。
在陈炯明1920年底主政广东后不久，孙中山由上海匆匆赶来，随行是一班民初前国会议员，他将北京政府定性为“非法”，要重开国会。他本人则要当“非常大总统”。
陈炯明（左四）与孙中山
此时，陈孙不合的事实坊间皆知。《申报》1921年1月25日的报道称，“外间传孙陈不合，陈炯明不主张国会重集广州，更不赞成选举总统，此种论调，吾辈闻之已熟，某方面均谓为某系造谣，然征之近来民党报纸陈省长顿萌退志云云。”
孙中山说：“你辞职也好”
就在这个时候，陈炯明和孙中山有一段对话。
孙中山说：汝的省长，汝知从何得来？
陈炯明答：由总裁任命。
孙中山说：有人说你反对选举总统，确否？
陈炯明答：此属国会职权，个人无问题。
孙中山说：然则何人反对？
陈炯明答：悠悠之口，总裁当可一笑置之。
孙中山不依不饶：军人以服从为天职，若辈混闹至此，汝应负责。
说话到这个份上，陈炯明开始力陈自己如何为难，微微露出辞职的意向。
孙中山说：“你辞职也好”。
话说到此，陈炯明已无退路，问：印信交何人接收？
孙中山说：可交我。
陈炯明退后即交上辞呈。
据考，这一对话发生的时间在1921年2月13日之前不久。
围攻“总统府”逼孙中山下台
当然，陈炯明并未因此真正离职。这年6月，陈炯明与桂系军阀发起战争，获胜进入南宁。孙中山北伐意志坚决，陈炯明自知无此实力，遂拒绝执行，终于1922年4月被罢黜，后隐居惠州。
接下来发生的“六一六兵变”，其表面理由是在北京政府总统徐世昌辞职后，陈炯明部队要求孙中山兑现先前承诺，下野。当时人心思治，包括蔡元培、胡适等两百多名流也曾为此联名致电孙中山和非常国会。孙中山却迟迟不肯下台，6月16日，陈炯明部下叶举出兵围攻“总统府”，与孙中山部下发生小规模战斗，孙中山乘永丰舰逃离广州。
《陈炯明叛国史》
事件发生两月后，孙中山的支持者即出版《陈炯明叛国史》，历数陈诸般罪恶。陈炯明方面的声音则长期湮灭不闻。这里援引叶举6月18日所发宣言的部分内容，以利兼听之明：“粤军回粤，再组护法政府，与徐世昌对峙，同时孙文又有宣言，谓徐世昌若退位，则当立刻下野云云，今幸人心厌乱，旧国会已至自己召集之机运，徐世昌亦已引责退位，要之累年南北拥兵之真意义，在于护法，今目的已达，自无拥兵之必要，况广东经数次之战争，民力凋敝，加以自主以来，以一省之财力当全国，因此一省之财政，至呈涸竭之惨状，何堪再重以痛苦乎？叶举等同属国民，同隶粤军，为国家计，为粤省计，不忍为一人而祸天下，因此恳望孙氏实践退位之宣言”
广东省第一次美术展全体职员合影，陈炯明（前左四）任会长
“不忍为一人而祸天下”，这是孙陈矛盾的非主流说法。其实，陈炯明早在二次革命之后即不满孙中山，当孙重组中华革命党，要求党员画押宣誓效忠时，他离孙而去。1917年护法运动时，陈炯明再次追随孙中山，六一六兵变后，两人彻底闹翻，从此再未和解。
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