嘉庆元年正月初七，张正谟，聂杰人等，在湖北宜都枝江一带，拉开了白莲教大起义的序幕。近邻宜昌地区的长乐、长阳两县的教徒立即响应，各地白莲教组织也闻风而起，二月，杨起元等攻占当阳县城，曾士兴等攻破竹山、保康两县城，三月初十，襄阳地区的教徒在王聪儿，姚之富等率领下，按原定日期起义。
面对数省白莲教教徒的起义，刚刚即位的嘉庆皇帝急忙调兵遣将，鄂豫川陕等各省的督府、将军、提督、总兵等相继出动，分赴各地镇压起义。
在最初的一段时间里，湖北各地的义军大多被镇压下去，四川的义军也受挫被困，只有襄阳起义军采取流动作战的策略，力量迅速壮大，成为湖北起义军的主力。嘉庆二年初，襄阳起义军又开始了大规模流动作战，转战于湖北、四川、河南、山西，后分三股进入四川，清军只能尾随其后，疲于奔命。
7月四川起义军被清军围困，襄阳起义军赶到解围，在东乡与四川起义军会师，各路起义军按青、黄、蓝、白分号设立掌柜、元帅、先锋、总兵等职。然而，这种看似严密的组织并没有使其义军真正连为一体，各股仍然各自为战，分散行动。这也给起义的最后失败埋下了祸根。
嘉庆三年4月，襄阳起义军在湖北襄阳被清军包围，首领王聪儿，姚之富不甘做俘虏，跳崖牺牲。嘉庆五年四月，四川江油，马蹄岗战役，白莲教著名领袖冉天元战死，义军第一批领导人相继牺牲殆尽，人数从十几万减至几万人，起义开始转入低潮。
这时清政府的“坚壁清野”与“寨堡团练”政策已逐渐推广并发挥作用，通过筑寨堡、并村落，命令百姓移居其中，将民间粮秣给养充实其内，又训练丁壮进行防守，从而切断了起义军同百姓之间的联系，使起义军无法得到粮草与兵员的补充，力量日渐枯竭。
嘉庆六年下半年，起义军活动基本上只限于川楚边境地区，转战在深山老林之中。人数只剩24000，而围剿的清军却有二十几万，起义军在极端艰苦的条件下坚持战斗，直到嘉庆九年九月，起义终告失败。
白莲教的起义虽然看起来声势浩大，但是因为各路起义军互不相属，各自为战，而且在战术上也只是盘踞在山寨或县城，消极防守，不主动出击，缺乏灵活性，虽然能够给清军以沉重打击，但也为清军各个击破提供了条件。
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