1962年，东京大学成立了海洋研究所，1963年，东京大学海洋研究所建造了淡青丸号（第一代）海洋调查船，该船排水量297吨，主要在近海执行调查任务，为了扩展调查区域，东京大学海洋研究所决定建造一艘大型海洋调查船，即白凤丸号（第一代），该船属于日本文部科学省，由东大海洋研究所运营。
白凤丸号海洋调查船（第一代）1966年7月于三菱重工下关造船厂开工，1967年3月31日完工，是日本第一艘大型远洋海洋调查船，总吨位3225吨，船长94.96米，垂线间长86米，型宽14.8米，型深7.3米，吃水5.5米。该船为长艏楼型，主船体钢制，上层建筑铝制，该船采用电力推进，设有四台1100马力的主机，四台推进电机驱动两具螺旋桨，船首设有首侧推，通过该系统白凤丸可以以1.5-2节的微速航行，这对海洋调查十分有利。船上电站为两台发电机。
白凤丸号（第一代）
船上装备有精密深度记录仪(PDR)，海底采泥器，采水器，鱼群探测仪等多种科考设备。
白凤丸号（第一代）1967年7月前往北太平洋执行第一次调查任务，1988年退役，退役的原因是船体和设备的老化以及总体设计的陈旧。在服役的二十多年期间,共航行了654464海里,完成了99个海洋调查研究航次。白凤丸号（第一代）退役之后移交日本海洋生物技术研究所，改名为苍玄丸，1996年拆解。
白凤丸号（第二代）1988年5月9日于三菱重工下关造船厂开工，10月28日下水，1989年5月完工交付东京大学海洋研究所，船长100米，型宽16.2米，型深8.9米，吃水6.3米，总吨位3991吨，航速16节，续航力12000海里，定员89人，其中研究人员35人，本船为长艏楼船型，设有两层全通甲板，本船采用柴电推进方式，设有有4台1900马力柴油发电机，2台460KW电动机，两具4叶变距桨，船首设有两具艏侧推。
白凤丸号（第二代）总布置图
国内网上有篇介绍白凤丸号海洋调查船的文章宣称其采用吊舱推进，这种说法是错误的
白凤丸号（第二代）下水
白凤丸号（第二代）
船上装备有多波束测深仪(MBES)，精密深度记录仪(PDR),生物资源探测仪，重力仪，浅地层剖面仪（SBP），气枪震源系统，尾部设有A型架，还有各类水文绞车和克令吊。船上设有10个实验室，包括干式，湿式，通用等多种类型。
白凤丸号（第二代）上的调查设备
白凤丸号（第二代）上的克令吊
白凤丸号（第二代）
1989年6月，白凤丸号（第二代）开始首次执行首次调查任务，10月开始执行大洋调查任务，1990开始执行共享航次，为全日本各个研究，1999年6月开始在日本南海海域执行多密度海底地形调查任务，2004年移交日本海洋科学技术中心管辖。
白凤丸号（第二代）2000年2月在KH-00-1 航次中通过赤道并举行赤道祭
白凤丸号（第二代）在2000年11 月～ 2001年2月执行KH-00-5 航次中进行取样
白凤丸号（第二代）在2002年11 ～ 12 月执行KH-02-4 次航次
我国国家海洋局第一海洋所地质室胡利民博士于2016年10月-12月赴日本高知大学岩心研究中心（Kochi Core Center, 简称KCC）交流访问，并参与了由白凤丸号执行的日本近海黑潮流域的联合调查航次KH-16-6。KH-16-6航次分为两个航段，整体耗时18天，在西北太平洋海域执行调查。航次顺利完成了自航式海底沉积原位观测和活塞取样，并成功开展了多道地震等地球物理观测。此次调查，是我国科学家首次参与在日本近海黑潮流域的海洋地质调查和取样工作，尤其是船上科学家首次利用了自航式采样系统（Navigable Sampling System, NSS）获取了累计长度达20余米的高质量沉积岩心，这对于揭示西太平洋（尤其是黑潮流区）的古海洋与气候变化具有重要的科学意义。
我国科学家参与的白凤丸号KH-16-6航次
晚上灯火通明的白凤丸号（第二代）
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