北大人民医院王俊教授组在《自然》子刊Scientific Report上发表58例非小细胞肺癌液体活检和组织活检的检出率对比研究,提示了液体活检在早期癌症阶段的高检出率。两个月前,来自法国的研究小组,用53例小细胞肺癌和123例正常人作为对照进行检测,发现癌症患者具有更高的突变频率。华大基因也在今年的ASCO会议上发表了正常人的游离DNA突变研究。
这一系列研究成果的发表,标志着液体活检技术已经从纯临床应用,向早期筛查方向发展。
从中晚期到早期到超早期,液体活检临床应用范围在不断扩展
早期的液体活检技术的临床应用类研究论文,大都集中在临床分期的三期甚至四期病人的用药和耐药监控。今年,来自约翰霍普金斯大学及其澳大利亚的合作伙伴发表了结直肠癌临床二期的研究结果,提示了临床二期患者具有很高的检出率。最近,另外几个研究表明,液体活检的检出甚至提前到了癌症的一期,因此,我们已经可以预期基于液体活检的癌症早筛早诊已经不会太遥远。
国际上发展如何?
2016年ASCO会议上,全球领先的液体活检公司Guardant Health公布了超过1.5万例液体活检数据,综合检出率超过80%,所使用的测序Panel包含50个基因,而临床数据大都集中在临床分期的中晚期。
Illumina今年成立了Grail公司,聚焦肿瘤的早诊,提出口号“Detect Cancer Early,When it can be cured”,其核心计划是对游离DNA中超过504个基因Panel的2百万个碱基进行覆盖深度超过6万倍的测序,对一个人的样本而言,就有超过1T的数据。最大程度上发现稀有的肿瘤突变。为癌症的早筛早诊做准备。
全基因组液体活检,终极的解决方案?
2014年,illumina公司宣布个人基因组价格降低到1000美元,已经有很多个人拥有了自己的基因组数据和信息,笔者就是其中之一。
2015年illumina公司在JAMA杂志上发表了用低覆盖度全基因组测序进行妇科肿瘤筛查的结果,为通过低覆盖度全基因组测序进行非整倍性肿瘤筛查提供了依据。
2016年来自华盛顿大学的研究组利用全基因组液体活检进行肿瘤溯源的研究发表在《细胞》杂志, 打开了全基因组液体活检的大门,并明确了全基因组测序如何发挥其全部意义。
全基因组测序要测序30亿个碱基,也就是所有的基因,所有有可能发生突变的基因序列都测序了,这是液体活检的终极理想。但全基因组测序液体活检成本依然过高,就算测序5000倍覆盖度,也需要开动两整套X10测序系统,花费数十万。
但是全基因组测序其重要的应用价值,是目标基因测序无法比拟的。全基因组测序是覆盖最全最完整的,几乎不会遗漏的基因检测。对于已经尝试过各种基因测序Panel,但是仍然没有找到很满意的标志物的人来说,可以再做尝试。而且,对肿瘤的溯源而言,全基因测序液体活检几乎是目前唯一的方法,而溯源是复发和转移监控的基础,因此全基因组测序液体活检依然不可取代。
低覆盖度的全基因组测序,在非整倍性肿瘤的筛查方面非常有效,并且相对稳定成本低。在一定程度上作为早筛的重要手段,可以取代CTC非整倍性检测,应该推广这类项目,建议42岁以上的人群全民体检。
一步到位的液体活检?
基因是不变的,基因又是不断变化的。这种变化就是基因突变,有些突变是“良性的”,有些是“恶性的”,如果细胞里面的恶性突变没有“修正”,就可能变成肿瘤细胞了。
恶性的突变可能发生在很多基因上,也可能发生在基因的很多位点上。肿瘤之所以复杂,就是因为其异质性。发生突变的基因可能很多,位点更多,那么全基因组水平检测就是一步到位的检测了所有可能出现的突变。但是,癌症的突变又在持续的积累和变化,一种检测一次性解决所有问题,几乎是不可能的。
现实的“完美”液体活检决策
| 临床阶段 | 技术策略 | 适应人群 |
| 临床前(高危人群筛查) | 高覆盖度肿瘤高频突变大Panel测序,低覆盖度全基因组测序 | 高危人群 |
| 临床中 | 按照临床需求设计的各种用于分子分型和用药Panel | 已经明确诊断为肿瘤的患者或者疑似患者 |
| 持续护理 | 个性化的突变位点监控、耐药监控的Penal和ddPCR单点检测,全基因组组织溯源 | 已经治疗的患者 |
元码基因:点突变到全基因组,病程全阶段的全覆盖
元码基因团队对液体活检技术拥有十年的追求和探索,对肿瘤学的理解深刻。我们充分认识到,没有一种方法能“包测百癌”,因此,针对临床的发展需要,元码基因设计了一系列的检测方案,涵盖了针对单一癌症的肺癌12基因,肿瘤用药的38基因,综合用药的143基因,肿瘤全景的443基因,以及Lite和完整全基因组测序解决方案。
元码结合独有的专利技术Ucap和Decap技术,以及Ucap技术加持的ddPCR液体活检技术,实现了对液体活检技术的全覆盖的同时,实现了万分之一灵敏度和“定性、定量、定位、定序”的“四定”液体活检,是目前市场上唯一一个真正能提供从临床前、到临床中、康复和持续护理的全病程覆盖解决方案的团队。
“治未病”是癌症检测的最高境界,也是元码基因一直在追求的境界,路虽远,却就在脚下。
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