在消声瓦粘合工艺上，“元”级艇的粘合工艺也大大改进，与039型艇上消声瓦间较大的粘合缝隙相比，“元”艇的消声瓦敷设工艺非常好，瓦与瓦之间的结合度紧密，粘结缝隙非常细小，整个敷设消声瓦的艇表，光洁度很高。跟日本的亲、苍龙级潜艇相比，“元”级艇的消声瓦敷设工艺更出色，光顺性也更好。这对“元”级潜艇来说，不仅能更好的提高消声瓦的工作性能，也会改善艇表面的光顺度，降低艇表粗糙度附加值，进一步降低整艇的摩擦阻力，提高潜艇的水下快速性。
039型艇因为采用过渡型艇型，其首部为直立艏柱的过渡型艏，艏部在安排了六具鱼雷发射管后，上下用于安置声呐基阵的空间已不大。“元”级艇的水滴线型艏部圆钝，艏部空间充裕，艇艏上部用于布置六具鱼雷发射管后，艇艏下部还有较大空间安置声呐基阵。因此“元”级艇在艏部可以布置体积大、发射功率高、空间增益好、工作频率低、探测距离更远的新型综合声呐，大大提高了“元”级艇的搜索与跟踪距离。
“元”级艇艏部圆钝，空间较为充裕，上部用于布置六具鱼雷发射管后，下部有较大空间用来布置体积大、功率高的圆柱状综合声呐基阵。
“元”级艇在舷侧还布置了新型舷侧测距声呐，通过布置在两舷平行于艏尾线上的各三组换能器阵，利用噪声信号到达各换能器组的相位差（声波传递时延效果），“元”级即可快速计算出目标的距离信息。这避免了以前中国没有装备舷侧测距声呐的老式潜艇，通过整艇机动数个阵位才能计算目标距离的情况。减少了中国潜艇攻击目标时用于探测、计算目标方位的时间，有效提高了中国常规潜艇的快速反应、快速打击能力。
中船711所通过努力已经实现了斯特林热气机的国产化，根据最近几年公开的信息表明，该所研制的国产化斯特林热气机已经装艇实用，并于2003年左右进行了相关实艇实装测试工作。而从最近几年各科研院所与官方的信息透露来看，“元”级艇已经装备了711所生产的国产型斯特林热气机，其性能应该与瑞典哥特兰级装备的V4-275R系列热气机相接近。
瑞典生产的单台V4-275R热气机的持续功率为65千瓦，最高输出功率达到75千瓦。哥特兰级在装备了两台热气机后，除了能保证该艇水下航行时照明、艇上电子设备等75到85千瓦耗电之需，剩余功率还能使该艇以4-6节的经济航速在水下连续航行2周。“元”级艇吨位较哥特兰级更大，其相对充裕的空间也具备了布置更多台热气机的能力，相应的扩充液氧储存装置的容量后，即可获得比哥特兰级更优秀的水下续航力，这对“元”级艇来说，意义是非凡的。
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