不过任何一种武器都必然会在实际使用中发现一些研制和试验时所没有发现的缺点，例如像著名的M16系列和AK系列在多年以来都分别经过多番改进，现有的型号与最初的型号都有了不同程度的变化；比较新的HK G36虽然在研制时吸取了许多现有武器的成功之处，但却在部队装备使用后发现有双瞄具不实用、护木容易过热等缺点，从而作出了改进。89式重机枪也不例外，经过部队几年使用后也暴露出一些问题，尤其是有90%的武器在长期使用中出现射击精度下降的问题。
经过部队里军械人员的检查和分析，总结出3个方面的故障原因，首先是枪身紧固时发生瞄准线偏移，其次是受弹器盖松动过大（受弹器盖后端突耳与受弹器座存在0.4mm左右间隙），另外枪管在机匣上非弹性的径向松动量在4～5mm左右。他们建议厂家应该改进枪身紧固方式，把表尺座固定位置移到机匣上，并改进枪管在机匣上的连接方式等等。
由于重量及其他技术问题，即便是新枪，89式重机枪的点射散布精度比国外同类武器要低一些，特别是与M2HB相比，那是世界上现役同类武器中精度最好的重机枪（当然，这也与美国的.50 BMG的弹道性能好于苏俄的12.7×107mm的原因有关）。
89式12.7mm重机枪的受弹器盖产生松动过大，导致安装在受弹器盖后端的表尺定位不准。
重量太轻也会对射击精度造成影响。图为斯里兰卡内战，猛虎组织成员使用缴获的89式重机枪向政府军射击，从图中我们可以看到，由于采用高射状态增加压制范围，需要两名士兵抱紧三脚架，防止射击时产生过大的跳动。
在国外，主流的西方同类型武器一直是M2HB .50BMG重机枪，这件长寿的武器经过多年来的改进，其重量也已经有所减轻，不过减重手段主要集中在新型脚架上，M2HB与M3三脚架的总重量为58公斤。最新研制的XM312重量要轻得多，连同三脚架仅有19公斤，可算是世界上最轻的12.7mm重机枪。然而枪身重量也是克服射击时枪身上跳的一种手段，89式和XM312都是为了在保持较轻的全枪重量的基础上让射击时的后坐力可控，而采用了管退与导气式混合的自动方式，但XM312的缓冲器导致该枪射速过低（仅260发/分），美国陆军在对XM312进行试验后对如此低的射速极为抵触，于是XM312的承包商GDATP不得不重新把该枪简化和提高射速后改进成LW50，但LW50对射速的提升并不多，仍然是偏低，所以目前这种“世界上最轻的重机枪”的服役前景并不乐观。
前苏联在DShKM之后研制的NSV重机枪的枪身重25公斤，连三脚架全重41公斤，和我国的85式高射机枪是同样重量级别。俄罗斯最新研制的Kord重机枪的枪身和三脚架全重仍然重41公斤，虽然最新研制的重机枪用两脚架仅重7公斤，但大口径重机枪在两脚架状态下对1公里外目标的射击精度不太理想。而且这重量仍然比我国的89式重机枪要大。
图为两脚架状态的Kord重机枪，但该枪的实用效果还有待考验，目前也没有正式大量地装备部队。
另外还有一些外国公司（如新加坡）也研制了一些新式的12.7mm机枪，重量大幅度减轻，但迄今仍未见装备。所以89式重机枪到目前为止，仍然是世界是最轻的现役12.7mm口径重机枪。
89式重机枪以26.2千克的全重，成为世界上最轻的现役12.7mm口径重机枪。另外，89式其它方面的性能表现也已达到军方提出的研制指标。但我们期待再研制下一代重机枪时，能够在射击精度上有更好的表现。下表是网易军事对89式重机枪的排名及国产化率评估，5星为满分：
