在戴笠生前，蒋介石因为一来局势对他还不象后来这样坏，二来他对戴也比较放心，对于特务机关的事，“躬亲”的时候不多；但后来因为形势对他愈来愈不利，他也愈来愈指望其特务机关能发生更大更多的作用，就比以前更加用精神了。因此，在“军统”改为“保密局”之后，他一再亲自出马对上层成员“训话”，也一再集体的或个别的接见派到各地去的省站人员，指示打气，希望他们多多拚命。而毛人凤在这时期，为了争取表现，巩固其黑暗“事业”，也特别大卖力气。他一方面仍学戴笠的老办法，每天中午，在局本部与副处长以上人员一起吃饭，一起谈问题，以期增加效率。在和公开特务机关的联系上，也保留“军统”过去的成例，每月约集宪兵司令、“中统”局长、警察总署署长、国防部第二厅厅长等开会一次。保密局成立时，是在南京马台街二十二号办公，一九四七年上半年才迁入洪公祠新建的大厦。及后，毛人凤又特别在傅厚岗通往玄武门的马路上，弄了一幢房子，取名“诚庐”，作为各特务单位首脑开会之用。一些有关对付共产党及镇压民主爱国运动等问题，便在这种会议上提出来，以便各特务机关能采取协作的步骤。毛人凤还规定：各省站站长，必须参加各地省一级的特务会报，以便在反共方面，能取得更多的联系。又规定各省站站长每月至少要召开一次“公秘会报”(公开和秘密的特务机关负责人的会报)，轮流报告各单位工作，然后汇报保密局。
在保密局时期，所能控制的公开机关，已不如“军统”时期那样多。而在被控制的机关中，由于权力之争的加剧，其负责人也不如“军统’’时期这么听话。当时，最大的公开特务机关，要数全国警察总署，署长唐纵，因为是老“军统”，表面上虽然接受保密局的控制和运用，但实际上也在搞他自己的一套。这个警察头子的职位，如果戴笠不死，很可能落在“中央警校”教育长李士珍的手上，因李在抗战胜利后所拟的“十年建警计划”很得到蒋介石的重视。也有戴季陶等人的极力支持；且蒋之驭下，一向爱用互相牵制的手段，也有意把警权交给李。但戴笠一死，蒋为了使“军统”的人安心，又把这一组织交给了“军统”的唐纵。唐既被郑介民和毛人凤挤了出来，为了建立个人的势力，便一心要搞出自己的一套。他首先提出要使警察人员“正规化”，凡不是警官学校毕业的人不能当警官。所以对于保密局介绍去的人，非经他亲自批准，不派工作，实际上等于拒绝控制。但蒋介石虽把这个警察组织交给唐纵，但在重要人事上仍要加以控制，特别是一些大城市的警察局长，都得由他亲自决定。因此又造成另一种情况：郑介民和毛人凤既不便越过唐纵去请蒋介石批准；而唐纵也不会为保密局去争。结果，保密局要在警察系统安插人，更加不顺手了。抗战胜利以后，各大城市的警察局长，都由蒋介石亲自派出，上海给了宣铁吾，北平给了陈卓，天津给了毛文佐，南京给了黄珍吾。本来，照戴笠的暗中安排，天津要安插李汉元，但这个在天津租界为外国人当了十多年奴才的“天津通”、老“军统”，结果只好屈居毛文佐之下，当了个副局长。南京的首都警察厅长一职，戴笠一向培植任建鹏。在南京撤退时，任当首都警察厅保警总队长，带着一批武装保安警察向重庆逃跑时，把首都警察厅的印信带在身边，早已野心勃勃。到重庆后，他改任内政部警察总队长。由于有戴笠撑腰，以为胜利一来，首都警察厅长非他莫属，岂知蒋介石却给了别人。他自己只弄到一个汉口警察局长。以后北平的陈卓走了。宪兵司令张镇又推荐他的参谋长汤永成去接充，戴笠派去的副局长祝维屏也没有推上去。一直到一九四八年，几个大城市的警察局长，才慢慢落到“军统”的手上，先是天津归了李汉元，北平归了杨清植，上海在解放前给了毛森。因此毛人凤常埋怨唐纵，说“唐先生只会向家里(指“军统”)要东西，要去了马台街的房子，要去了不少的汽车，要去了中美所的刑事实验室全部器材，就是不肯要人!”特别是以后唐兼了国防部保安事务局长之后，也只挑了赵世瑞等几个人去工作，更加深了“军统”老特务的反感。
保密局所控制的第二个公开的机关，是交通部全国交通警察总局，先后由吉章简、周伟龙、马志超任总局长。这个局的成员，大都是原来军委会水陆交通统一稽查处和军委会别动军司令部及忠义救国军的人马，基本上还接受保密局的领导。当时，几条铁路的警务处长，如京沪、沪杭甬的王兆槐，平汉的朱若愚，津浦的吴安之，陇海的程一鸣，胶济的贺元，粤汉的张辅邦，湘桂的史铭，滇越的田动云，都是“军统”老特务。公路方面，公路总局之下的各地公路局的警卫稽查组、和运输处的警稽室，也都由“军统”老特务控制。交通警察总局的二十多个交通警察总队，也全是由原属“军统”指挥的特务武装部队改编而成的。
按照过去“军统”的传统，公开机关国防部第二厅，也应由保密局控制。这在郑介民以保密局长兼第二厅长的时期，还不成问题。后来郑被免去保密局长和第二厅厅长兼职，由副厅长侯腾升任厅长后，便不愿受保密局的控制。侯还想把原来在第二厅的“军统”特务排挤出去，一手把持军事情报，而让保密局专搞党政情报，分庭抗礼。毛人凤因为自知在军事情报方面抢不过第二厅，但又不肯放手，只好暗中指使留在该厅的“军统”成员，继续与保密局保持工作关系，并设法与侯腾捣鬼。一直到逃台之前，双方都勾心斗角，互相争宠。
保密局控制得最多的是各地的稽查处，这是“军统”从抗战胜利后便更首先抢到的公开单位，如上海淞沪警备司令部稽查处长程一鸣、南京卫戍司令部稽查处长何龙庆、北平警备司令部稽查部倪超凡、天津警备司令部稽查处长陈仙洲等等，都是戴笠亲自安排的，以后也一直掌握在保密局手中。至于原来大后方的一些地区，如重庆、成都、西安、兰州等地的稽查处，在保密局时期，也一直没有放过手。另外，各大城市的侦缉大队或刑警处，也都掌握在保密局手中。保密局在各地掌握了这两种公开特务机关，不但对逮捕、搜查、监禁等方面的活动，可用“合法”的面目从事，得到很大的方便。
另外，在保密局控制下的，还有兵工署的稽查处。这个处成立于抗战初期，原来叫警卫稽查处。抗战胜利后仍旧保留下来，改名稽查处。保密局内部则称之为兵工稽查处，以区别于各地警备司令部的稽查处。这个处的成立，是专门为了防止共产党在各兵工厂活动和镇压各兵工厂工人的。国民政府又把各兵工厂工人列为现役军人，不准组织工会。各兵工厂都设有警稽组和警卫大队，他们对待兵工厂工人，也动辄是“军法从事”。抗战期间，这个处的处长是张师，胜利后是廖宗泽，这两人都是投入“军统”的间谍。
保密局的外围组织，最大的一个要算是“中国新社会事业建设协会”。这个组织，是由抗战时期戴笠所主持的“人民动员委员会”扩充起来的。当时，戴笠的野心很大，想把全国的青帮、洪帮、袍哥、哥老会以及各地的流氓组织统一起来，归他自己领导，以加强“军统”的外围力量。被邀参加这个组织的委员，有杜月笙、王晓籁、向松坡、杨虎、张啸林、范绍增等近百人。一九四六年在上海静安寺路丽都花园开筹备成立大会时，各路人马均赶去参加，曾被认为是一个“盛举”。戴笠死后，由“军统”大特务徐亮负责，已经抓不起来，特别是在发展组织时，遭到“CC”和政学系等各方面的攻击与阻挠。其中主要原因，是他们怕保密局掌握了各地帮会组织之后，对于选举“国大代表”和立法委员时，会起操纵作用，对于他们的派系不利。郑介民和毛人凤一看风头不对，这个会才在无形中停止了活动。
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